Jedinečnou skupinou eubakterií, kterou je třeba zmínit, jsou mykoplazmata. Jsou klasifikovány jako grampozitivní na základě příbuznosti s jinými grampozitivními bakteriemi, ale protože mykoplazmy nemají buněčnou stěnu, jsou funkčně gramnegativní. Mykoplazmata jsou nejmenší eubakterie a zároveň nejmenší organismy schopné samostatného rozmnožování. Jsou sotva větší než některé viry. mykoplazmata mají extrémně jednoduchou buněčnou strukturu, malý genom, a proto jsou evolučně zvláště zajímavá.
Jak jsme právě viděli, eubakterie jsou extrémně rozmanité a specializované na své prostředí. Překvapivě je struktura většiny eubakteriálních buněk poměrně jednoduchá.
Na rozdíl od složitých chromozomů složených z bílkovin a DNA, které se vyskytují u rostlin a živočichů, mají eubakterie prokaryotické chromozomy, které jsou menší a mají méně přidružených bílkovin. Eubakterie mají také kruhové molekuly DNA zvané plazmidy. Prokaryotické chromozomy a plazmidy nejsou umístěny v centralizovaném jádře, protože eubakterie stejně jako prokaryota nemají jadernou membránu. Místo toho se plazmidy obvykle nacházejí v relativně přehledných oblastech v cytoplazmě zvaných nukleoidy. Zbytek cytoplazmy je vyplněn ribozomy, které v buňce slouží k syntéze bílkovin. Zatímco eubakterie postrádají organizované organely, které se vyskytují v neukaryotických buňkách, mnoho eubakterií má specializované vnitřní membrány. Například sinice mají membrány, které obsahují chlorofyl a další chemické látky potřebné k provádění fotosyntézy.
Mnoho eubakterií má buněčné stěny, které leží mimo jejich plazmatické membrány. Jsou podobné buněčným stěnám, které se vyskytují u rostlin a hub, ale jsou složeny spíše z peptidoglykanu než z celulózy nebo chitinu. U některých eubakterií je tato buněčná stěna pokryta další vrstvou zvanou vnější membrána. Mnoho eubakterií má ještě další obalovou vrstvu zvanou kapsida. Ta se skládá převážně ze složitých cukrů a slouží k ochraně buňky před nebezpečím z prostředí, například před napadením imunitní obranou hostitele nebo dehydratací.
Motilita
Mnoho eubakterií je pohyblivých. Ve většině případů jim pohyb umožňují rotující struktury zvané bičíky. Termín bičíky se používá také pro označení podobných pohybových struktur u protist a dalších eukaryotických buněk, ale tyto dva pojmy nejsou stejné a neměly by se zaměňovat. Prokaryotické bičíky se skládají z proteinových podjednotek zvaných flagellin, zatímco eukaryotické bičíky jsou tvořeny soustavami mikrotubulů z tubulinu. Prokaryotické bičíky jsou ukotveny v plazmatické membráně a pohybují se spirálovitě. Eukaryotické bičíky jsou uzavřeny v plazmatické membráně a mohou se pohybovat pouze kmitáním tam a zpět. Výjimky z této struktury prokaryotických bičíků najdeme u některých druhů spirochet, jejichž bičíky se podobají bičíkům eukaryot. Předpokládá se, že u eukaryot se bičíky mohly vyvinout díky symbiotickým vztahům s těmito spirochetami.
Tvar
Eubakterie jsou často klasifikovány podle svého tvaru. Rozdělují se do tří hlavních tvarových kategorií. Kulovité eubakterie se nazývají koky; tyčinkovité eubakterie jsou známé jako bacily; spirálovité nebo spirálovité eubakterie jsou spirily.
Na rozdíl od eukaryotických buněk, které se dělí mitózou nebomeiózou, se eubakterie rozmnožujíbinárním dělením. Při tomto procesu dochází k replikaci genetického materiálu a obě kopie se přesouvají do oddělených nukleoidních oblastí. Poté se plazmatická membrána vsune dovnitř, čímž vzniknou dvě stejné dceřiné buňky. Zatímco tyto dceřiné buňky jsou na sobě zcela nezávislé, u některých druhů zůstávají pohromadě a vytvářejí kolonie a vlákna. Binární dělení může probíhat velmi rychle, přibližně jedno dělení za 20 minut, což je příčinou úžasné replikační schopnosti eubakterií.