Asiatische Kleinkrallenotter werden mit dem Fleischfutter Natural Balance, kleinen Fischen wie Stint und Lodde, Katzendosenfutter und Kroketten gefüttert. Wie Hauskatzen neigen auch asiatische kleine Krallenotter zur Bildung von Nierensteinen, weshalb sie mit Katzenfutter gefüttert werden, das Inhaltsstoffe enthält, die das Wachstum dieser Steine verhindern. Außerdem erhalten sie Krebse, Muscheln, Venusmuscheln, Mehlwürmer, Grillen, lebende Flusskrebse und lebende Goldfische zur Bereicherung. Mit ihrem sehr schnellen Stoffwechsel haben Otter unendlich viel Energie, aber eine Mahlzeit durchläuft ihr System in nur wenigen Stunden. Deshalb werden sie mehrmals am Tag gefüttert.
Um ihren Körper auf einer konstanten Temperatur zu halten, halten Otter ihren Stoffwechsel aufrecht, indem sie täglich das Äquivalent von 25 Prozent ihres Körpergewichts fressen.
Für Reisbauern sind sie eine wertvolle Form der Schädlingsbekämpfung, da sie die Krebse und Krabben fressen, die ihre Ernte schädigen. Sie werden auch von Fischern eingesetzt und darauf trainiert, Fische als Gegenleistung für Nahrung in ihre Netze zu treiben. Die Krabbenzüchter betrachten sie jedoch als Schädling, da sie regelmäßig ihre Farmen überfallen und ihre Bestände auffressen.
In freier Wildbahn ernähren sich Fischotter hauptsächlich von Krebstieren und Weichtieren, fressen aber auch Fische, Insekten, Amphibien und Reptilien. Asiatische Fischotter benutzen eher ihre Vorderpfoten als ihr Maul, um Nahrung zu finden und zu fangen. Die unvollständigen Schwimmhäute zwischen den Zehen verleihen ihnen ein hohes Maß an manueller Geschicklichkeit. Sie haben empfindliche Tastfühler, mit denen sie unter Steinen oder in trübem Wasser nach Nahrung suchen. Sie graben in Sand und Schlamm an der Küste nach verschiedenen Muschelarten (Venus- und Miesmuscheln) und Krabben. Um an das Fleisch zu gelangen, zerdrücken sie die Schalen entweder mit der Hand oder lassen die Schalen durch die Sonnenwärme öffnen. Ihre Zähne sind breit und robust und eignen sich gut zum Zerkleinern von Muscheln.