Die Vorfahren des südamerikanischen Pferdes stammen von Pferden ab, die von den Spaniern aus andalusischen und anderen iberischen Blutlinien in die westliche Hemisphäre gebracht wurden. Im südlichen Teil des Kontinents entwickelte sich eine beträchtliche Anzahl dieser Pferde unter geografisch isolierten Bedingungen, und bis Mitte des 19. Jahrhunderts gab es eine beliebige Anzahl kleinerer Inzuchttiere in den Herden der Mapuche der südlichen Provinz Buenos Aires in Olavarría, Argentinien. Das Falabella-Pferd wurde ursprünglich in Argentinien aus einheimischen Pferden des Criollo-Stamms entwickelt, und zwar ab 1868 durch das Zuchtprogramm von Patrick Newtall. Als Newtall starb, wurden die Herde und die Zuchtmethoden an Newtalls Schwiegersohn, Juan Falabella, weitergegeben. Juan fügte weitere Blutlinien hinzu, darunter das Welsh-Pony, das Shetland-Pony und kleine Vollblüter. Durch beträchtliche Inzucht gelang es ihm, die Herde konstant klein zu halten.
Beginnend in den 1940er Jahren schuf ein Nachkomme, Julio C. Falabella, ein offizielles Rassenregister, die Establecimientos Falabella (heute Asociación de Criadores de Caballos Falabella), und arbeitete an der Standardisierung der Rasse, um eine einheitliche Größe zu erreichen, wobei zunächst eine Durchschnittsgröße von unter 100 cm erreicht wurde. Später entwickelten die Züchter den modernen Standard, eine Pferderasse mit einer Durchschnittsgröße von etwa 76 cm.