Nach dem Tod von Tegh Bahadur übernahm Guru Gobind Singh (1666-1708), der wichtigste aller Gurus mit Ausnahme von Guru Nanak, die Führung der Sikhs. Gobind Rai, dessen Name möglicherweise zur Zeit der Gründung der Khalsa in Gobind Singh geändert wurde, wurde in Patna als einziges Kind von Guru Tegh Bahadur geboren. Im Alter von fünf Jahren wurde er nach Anandpur gebracht und in Sanskrit und Persisch sowie in den Künsten der Poesie und der Kriegskunst unterrichtet. Die Hinrichtung seines Vaters in Delhi durch Aurangzeb muss einen tiefen Eindruck auf das Kind gemacht haben. Nach seiner Nachfolge als Guru setzte er seine Ausbildung mehrere Jahre lang in den Shiwalik Hills fort. Er wuchs als Herrscher eines kleinen Shiwalik-Staates heran, nahm an verschiedenen Kriegen gegen andere Shiwalik-Häuptlinge teil und zeigte eine besondere Freude am Jagdsport.
Nach der Sikh-Tradition wurde am Baisakhi-Tag (dem indischen Neujahrsfest) Ende des 17. Jahrhunderts (das genaue Jahr ist ungewiss, wahrscheinlich war es 1699) in Anandpur ein Fest abgehalten, zu dem alle Sikhs eingeladen wurden. Der Guru blieb im Verborgenen, bis die Feierlichkeiten ihren Höhepunkt erreicht hatten, als er plötzlich mit gezogenem Schwert aus einem Zelt erschien und den Kopf eines seiner treuen Anhänger forderte. Sofort wurde die Menge still und fragte sich, was geschehen war. Der Guru wiederholte den Befehl, und schließlich meldete sich Daya Singh freiwillig und wurde hinter einen Sichtschutz gebracht, um abgeführt zu werden. Dann tauchte Gobind Singh wieder auf, sein Schwert triefte vor Blut, und forderte ein zweites Opfer. Auch er wurde hinter den Sichtschutz geführt, und wieder war der Klang des Schwertes zu hören. Auf diese Weise erklärten sich fünf treue Sikhs bereit, für ihren Herrn zu sterben. Als er das fünfte Opfer scheinbar erledigt hatte, wurde der Vorhang entfernt, und man sah, dass alle fünf noch sehr lebendig waren. Zu ihren Füßen lagen fünf geschlachtete Ziegen. Die fünf Freiwilligen wurden zu den Panj Piare, den „Geliebten Fünf“, die bewiesen hatten, dass ihre Loyalität außer Frage stand.
Guru Gobind Singh erklärte, dass er wünschte, dass die Panj Piare der Beginn eines neuen Ordens sein sollten, der Khalsa („die Reinen“, vom persischen khalisah, was ebenfalls „rein“ bedeutet). Die Masands (von denen viele streitsüchtig oder korrupt geworden waren) sollten beseitigt werden, und alle Sikhs sollten durch ihre Einweihung in die Khalsa dem Guru direkt Treue schulden. Gobind Singh begann dann mit dem amrit sanskar („Nektarzeremonie“), dem Initiationsgottesdienst für die Panj Piare. Nach Abschluss des Rituals wurde der Guru selbst von den Panj Piare eingeweiht. Der Orden wurde dann für jeden geöffnet, der sich ihm anschließen wollte, und die Sikh-Tradition berichtet, dass eine riesige Menschenmenge darauf reagierte.
Es ist anzumerken, dass entgegen dem Glauben vieler Sikhs einige zentrale Merkmale der heutigen Khalsa zu Gobind Singhs Zeiten noch nicht existierten. So verlangte der Guru zwar, dass die in die Khalsa Eingeweihten Waffen tragen und sich niemals die Haare schneiden (damit zumindest die Männer ihre Identität als Khalsa-Sikhs nicht verleugnen konnten), aber das Tragen der „Fünf Ks“ -kes oder kesh (ungeschnittenes Haar), kangha (Kamm), kachha (kurze Hosen), kara (Stahlarmband) und kirpan (Zeremonienschwert) – wurde erst mit der Gründung der Singh Sabha, einer religiösen und erzieherischen Reformbewegung des späten 19. und frühen 20. Jahrhunderts, zur Pflicht für alle Sikhs. Die Sikh-Hochzeitszeremonie, bei der die Braut und der Bräutigam um den Guru Granth Sahib herumgehen, ist ebenfalls eine moderne Entwicklung, die den im Wesentlichen hinduistischen Ritus, bei dem die Braut und der Bräutigam um ein heiliges Feuer herumgehen, durch den Anand Marriage Act von 1909 ersetzt hat. Die Namen Singh („Löwe“) für männliche Sikhs und Kaur („Prinzessin“) für weibliche Sikhs, die früher bei der Aufnahme in die Khalsa angenommen wurden, werden nun allen Sikhs in einer Geburts- und Namensgebungszeremonie verliehen (siehe unten Riten und Feste). Alle diese Änderungen wurden in den Rahit, den Glaubens- und Verhaltenskodex der Sikhs, aufgenommen, der Anfang des 20. Jahrhunderts fast seine endgültige Form erreichte.
Guru Gobind Singh glaubte, dass die Kräfte des Guten und des Bösen in der Welt manchmal aus dem Gleichgewicht geraten. Wenn die Kräfte des Bösen zu groß werden, greift Akal Purakh in die menschliche Geschichte ein, um das Gleichgewicht zu korrigieren, indem er bestimmte menschliche Individuen als seine Agenten einsetzt. Zu Gobind Singhs Zeiten hatten die Mächte des Bösen, vertreten durch die Moguln unter Aurangzeb, die Oberhand gewonnen, und Gobind Singh sah es als seine Aufgabe an, das Gleichgewicht wieder herzustellen. Im Dienste dieser Mission sei es gerechtfertigt, dass die Sikhs das Schwert zögen. Diese Überzeugung brachte er in Zafar-nama („Brief des Sieges“) zum Ausdruck, einem Brief, den er in seinem späten Leben an Augangzeb richtete.
Kurz nach der Gründung der Khalsa wurde der Guru von anderen schiwalischen Häuptlingen angegriffen, die mit dem mogulischen Gouverneur der Stadt Sirhind im Bunde standen. Im Jahr 1704 war er gezwungen, sich aus Anandpur zurückzuziehen, wobei er zwei seiner vier Söhne in der folgenden Schlacht verlor. Die beiden verbleibenden Söhne wurden gefangen genommen und an den Gouverneur von Sirhind ausgeliefert, der sie grausam hinrichtete, indem er sie lebendig aufmauerte. Das Schicksal dieser beiden Kinder ist für die Sikhs bis heute eine quälende Geschichte geblieben.
Von Anandpur aus floh Gobind Singh in den südlichen Punjab, wo er seinen Verfolgern bei Muktsar eine Niederlage zufügte. Anschließend zog er weiter nach Damdama, wo er bis 1706 blieb und sich der Überlieferung nach mit der letzten Überarbeitung des Adi Granth beschäftigte. Als Aurangzeb 1707 starb, erklärte sich Gobind Singh bereit, Aurangzebs Nachfolger, Bahādur Shāh, nach Südindien zu begleiten. Als er 1708 in Nanded an den Ufern des Godavari-Flusses ankam, wurde er von Agenten des Gouverneurs von Sirhind ermordet.
Guru Gobind Singh ist zweifellos das Schönheitsideal der Sikhs. Abbildungen von ihm und von Guru Nanak sind in den Häusern der Sikhs häufig zu finden. Er gilt als das oberste Vorbild für alles, was ein Sikh der Khalsa (ein Gursikh) sein sollte. Seine Tapferkeit wird bewundert, sein Edelmut geachtet und seine Güte zutiefst verehrt. Die Pflicht eines jeden Khalsa-Mitglieds ist es daher, seinem Weg zu folgen und Werke zu vollbringen, die seiner würdig sind.