Eine einzigartige Gruppe von Eubakterien, die erwähnt werden muss, sind die Mykoplasmen. Sie werden aufgrund ihrer Verwandtschaft mit anderen Gram-positiven Bakterien als gram-positiv eingestuft, sind aber funktionell gram-negativ, da ihnen eine Zellwand fehlt. Mykoplasmen sind sowohl die kleinsten Eubakterien als auch die kleinsten Organismen, die zu einer eigenständigen Fortpflanzung fähig sind. Mykoplasmen haben eine extrem einfache Zellstruktur und ein kleines Genom und sind daher von besonderem evolutionärem Interesse.
Wie wir gerade gesehen haben, sind Eubakterien extrem vielfältig und auf ihre Umgebung spezialisiert. Überraschenderweise ist die Struktur der meisten eubakteriellen Zellen relativ einfach.
Im Gegensatz zu den komplexen Chromosomen, die bei Pflanzen und Tieren aus Proteinen und DNA bestehen, haben Eubakterien prokaryotische Chromosomen, die kleiner sind und weniger Proteine enthalten. Eubakterien haben auch zirkuläre DNA-Moleküle, so genannte Plasmide. Prokaryotische Chromosomen und Plasmide sind nicht in einem zentralen Zellkern untergebracht, da Eubakterien als Prokaryoten keine Kernmembran besitzen. Stattdessen befinden sich die Plasmide in der Regel in relativ klaren Bereichen im Zytoplasma, den so genannten Nukleoiden. Der Rest des Zytoplasmas ist mit Ribosomen gefüllt, den Proteinsynthesemaschinen der Zelle. Eubakterien haben zwar keine organisierten Organellen wie die inukaryontischen Zellen, aber viele Eubakterien haben spezialisierte interne Membranen. Cyanobakterien zum Beispiel haben Membranen, die Chlorophyll und andere Chemikalien enthalten, die für die Photosynthese benötigt werden.
Viele Eubakterien haben Zellwände, die außerhalb ihrer Plasmamembranen liegen. Sie ähneln den Zellwänden von Pflanzen und Pilzen, bestehen aber aus Peptidoglycan und nicht aus Zellulose oder Chitin. Bei einigen Eubakterien ist diese Zellwand von einer weiteren Schicht, der äußeren Membran, bedeckt. Viele Eubakterien haben noch eine weitere Überzugsschicht, die Kapsel. Sie besteht größtenteils aus komplexen Zuckern und dient dem Schutz der Zelle vor Gefahren aus der Umwelt, wie z. B. dem Angriff der Immunabwehr des Wirts oder dem Austrocknen.
Motilität
Viele Eubakterien sind beweglich. In den meisten Fällen ermöglichen ihnen rotierende Strukturen, die Geißeln genannt werden, die Fortbewegung. Der Begriff Geißeln wird auch für ähnliche Bewegungsstrukturen bei Protisten und anderen eukaryotischen Zellen verwendet, aber die beiden sind nicht dasselbe und sollten nicht verwechselt werden. Prokaryotische Geißeln bestehen aus Proteinuntereinheiten, die Flagellin genannt werden, während eukaryotische Geißeln aus Anordnungen von Mikrotubuli bestehen, die aus Tubulin gefertigt sind. Prokaryontische Geißeln sind in der Plasmamembran verankert und bewegen sich in einer spiralförmigen Bewegung. Eukaryontische Geißeln sind von der Plasmamembran umschlossen und können sich nur durch Hin- und Herschlagen bewegen. Ausnahmen von dieser Struktur der prokaryotischen Geißeln finden sich bei einigen Arten von Spirochäten, deren Geißeln denen von Eukaryoten ähneln. Es wird angenommen, dass Eukaryoten die Geißeln durch symbiotische Beziehungen mit diesen Spirochäten entwickelt haben.
Form
Eubakterien werden oft nach ihrer Form klassifiziert. Sie fallen in drei Hauptformkategorien. Kugelförmige Eubakterien werden als Kokken bezeichnet; stäbchenförmige Eubakterien sind als Bazillen bekannt; spiral- oder schraubenförmige Eubakterien sind Spirillen.
Im Gegensatz zu eukaryotischen Zellen, die sich durch Mitose oder Meiose teilen, vermehren sich Eubakterien durch Binärspaltung. Bei diesem Prozess wird das genetische Material repliziert, und die beiden Kopien wandern in getrennte Nukleoidbereiche. Anschließend klappt die Plasmamembran nach innen und es entstehen zwei gleiche Tochterzellen. Während diese Tochterzellen völlig unabhängig voneinander sind, bleiben sie bei einigen Arten zusammen und bilden Kolonien und Fäden. Die binäre Spaltung kann sehr schnell ablaufen, in der Größenordnung von etwa einer Spaltung alle 20 Minuten, was die erstaunliche Replikationsfähigkeit der Eubakterien erklärt.