Der Tenure of Office Act schränkte die Befugnis des Präsidenten ein, einen Beamten zu suspendieren, wenn der Senat nicht tagte. (Damals tagte der Kongress nur während eines relativ kleinen Teils des Jahres.) Wenn der Senat bei seiner Wiedereinberufung die Amtsenthebung nicht bestätigte, musste der Präsident den Beamten wieder einsetzen.
Im August 1867, als der Senat nicht tagte, ging Johnson gegen Stanton vor und suspendierte ihn bis zur nächsten Sitzung des Senats. Als der Senat am 13. Januar 1868 zusammentrat, weigerte er sich jedoch mit 35:6 Stimmen, die Entlassung zu bestätigen. Ungeachtet dieses Votums ernannte Präsident Johnson General Ulysses S. Grant zum Kriegsminister, weil er auf diese Weise einen Fall schaffen wollte, mit dem er die Rechtmäßigkeit des Gesetzes vor dem Obersten Gerichtshof anfechten konnte. Innerhalb weniger Tage wurde ein Verfahren eingeleitet, das auf ein Amtsenthebungsverfahren gegen Johnson abzielte – das erste Amtsenthebungsverfahren gegen einen Präsidenten der Vereinigten Staaten. Nach einem dreimonatigen Verfahren entging Johnson der Amtsenthebung durch den Senat nur knapp mit einer einzigen Stimme. Stanton trat im Mai 1868 zurück.
Es war sehr unklar, ob Johnson gegen den Tenure of Office Act verstoßen hatte, der zum Amtsenthebungsverfahren führte. Die Formulierung des Gesetzes war undeutlich, und es war nicht klar, ob die Entlassung Stantons (ein Überbleibsel der Lincoln-Regierung, den Johnson nicht ernannt hatte) gegen das Gesetz verstieß. Das Gesetz galt zwar für die derzeitigen Amtsinhaber, begrenzte aber auch den Schutz der Kabinettsmitglieder auf einen Monat nach dem Amtsantritt des neuen Präsidenten.
Die Verfassung der Konföderation war in Bezug auf die Absetzung von Exekutivämtern in der Bundesregierung eindeutiger. Sie sah vor, dass „der leitende Beamte in jedem der Exekutivministerien und alle Personen, die mit dem diplomatischen Dienst verbunden sind, nach dem Belieben des Präsidenten ihres Amtes enthoben werden können.“ Alle anderen Beamten der Exekutive konnten nur abberufen werden, „wenn ihre Dienste unnötig sind oder wegen Unehrlichkeit, Unfähigkeit, Ineffizienz, Fehlverhalten oder Vernachlässigung ihrer Pflichten, und wenn sie abberufen werden, ist die Abberufung dem Senat zusammen mit den Gründen dafür zu melden.“
Angesichts der Uneinigkeit darüber, ob der Tenure of Office Act gegen die Verfassung der Vereinigten Staaten verstößt, wäre die richtige Vorgehensweise nicht gewesen, den Präsidenten anzuklagen, sondern Stanton auf unrechtmäßige Entlassung und Gehaltsnachzahlung zu verklagen, wie es in dem späteren Fall Myers gegen die Vereinigten Staaten geschah.