Le stock ancestral du cheval d’Amérique du Sud descend de chevaux apportés dans l’hémisphère occidental par les Espagnols de lignées andalouses et autres ibériques. Dans la partie méridionale du continent, un nombre important de ces chevaux s’est développé dans des conditions géographiquement isolées et, au milieu du XIXe siècle, on trouvait un nombre quelconque de petits animaux consanguins dans les troupeaux des Mapuches du sud de la province de Buenos Aires, à Olavarría, en Argentine. Le cheval Falabella a été développé à l’origine en Argentine à partir de chevaux locaux de souche Criollo, à partir de 1868 avec le programme d’élevage de Patrick Newtall. Lorsque Newtall est décédé, le troupeau et les méthodes d’élevage ont été transmis au gendre de Newtall, Juan Falabella. Juan a ajouté des lignées supplémentaires, notamment le poney gallois, le poney shetland et de petits pur-sang. Avec une consanguinité considérable, il a pu obtenir une petite taille constante au sein du troupeau.
A partir des années 1940, un descendant, Julio C. Falabella, a créé un registre officiel de la race, l’Establecimientos Falabella, aujourd’hui l’Asociación de Criadores de Caballos Falabella (Association des éleveurs de chevaux Falabella), et a travaillé à la standardisation de la race pour atteindre une taille cohérente, atteignant d’abord une taille moyenne de moins de 100 cm (40 in).Plus tard, les éleveurs ont développé le standard moderne, une race de cheval qui mesurait en moyenne environ 76 cm (30 in).