Après la mort de Tegh Bahadur, Guru Gobind Singh (1666-1708), le plus important de tous les Gurus à l’exception de Guru Nanak, prend la tête des Sikhs. Gobind Rai, dont le nom a été modifié en Gobind Singh, probablement au moment de la création de la Khalsa, est né à Patna, enfant unique de Guru Tegh Bahadur. À l’âge de cinq ans, il est emmené à Anandpur et reçoit une éducation en sanskrit et en persan, ainsi que dans les arts de la poésie et de la guerre. L’exécution de son père à Delhi par Aurangzeb a dû faire une profonde impression sur l’enfant. Pendant plusieurs années après sa succession en tant que gourou, il poursuit son éducation dans les collines de Shiwalik. Il atteignit l’âge adulte en tant que dirigeant d’un petit État shiwalik, participant à diverses guerres contre d’autres chefs shiwaliks et faisant preuve d’un plaisir particulier dans le sport de la chasse.
Selon la tradition sikhe, le jour de Baisakhi (le nouvel an indien) à la fin du XVIIe siècle (l’année exacte est incertaine, bien qu’il s’agisse probablement de 1699), une foire fut organisée à Anandpur, et tous les sikhs reçurent l’ordre d’y assister. Le gourou resta caché jusqu’à ce que les célébrations soient à leur apogée, lorsqu’il apparut soudainement d’une tente, portant une épée dégainée et exigeant la tête de l’un de ses fidèles disciples. Aussitôt, la foule devient silencieuse, se demandant ce qui s’est passé. Le Guru répéta l’ordre, et finalement Daya Singh se porta volontaire et fut emmené derrière un écran pour être expédié. Gobind Singh réapparut alors, son épée dégoulinante de sang, et demanda une seconde victime. Lui aussi a été escorté derrière le rideau, et le son de l’épée a de nouveau été entendu. De cette manière, cinq loyaux Sikhs acceptèrent de mourir pour leur maître. Lorsqu’il a apparemment éliminé la cinquième victime, le rideau est retiré et les cinq personnes sont apparues bien vivantes. A leurs pieds gisaient cinq chèvres abattues. Les cinq volontaires devinrent les Panj Piare, les « Cinq chéris », qui avaient prouvé que leur loyauté était indiscutable.
Le gourou Gobind Singh expliqua qu’il souhaitait que les Panj Piare soient le début d’un nouvel ordre, le Khalsa (« les purs », du persan khalisah, qui signifie aussi « pur »). Les masands (dont beaucoup étaient devenus querelleurs ou corrompus) seraient éliminés et tous les sikhs, par leur initiation au Khalsa, devraient faire allégeance directement au Guru. Gobind Singh a ensuite commencé l’amrit sanskar (« cérémonie du nectar »), le service d’initiation pour le Panj Piare. A la fin du rite, le Guru lui-même est initié par les Panj Piare. L’ordre était alors ouvert à toute personne souhaitant le rejoindre, et la tradition sikhe rapporte que d’énormes foules ont répondu à l’appel.
Il convient de noter que, contrairement à la croyance de nombreux sikhs, certaines caractéristiques centrales du Khalsa actuel n’existaient pas à l’époque de Gobind Singh. Par exemple, bien que le gourou exigeait que les personnes initiées au Khalsa portent des armes et ne se coupent jamais les cheveux (afin qu’au moins les hommes ne puissent jamais nier leur identité de sikhs du Khalsa), le port des « cinq K »-kes ou kesh (cheveux non coupés), kangha (peigne), kachha (pantalon court), kara (bracelet d’acier) et kirpan (épée de cérémonie) – n’est pas devenu une obligation pour tous les sikhs avant l’établissement du Singh Sabha, un mouvement de réforme religieuse et éducative de la fin du XIXe siècle et du début du XXe siècle. La cérémonie de mariage sikh, au cours de laquelle les mariés marchent autour du Guru Granth Sahib, est également un développement moderne, ayant remplacé le rite essentiellement hindou, au cours duquel les mariés marchent autour d’un feu sacré, par l’Anand Marriage Act de 1909. Les noms Singh (« lion ») pour les hommes sikhs et Kaur (« princesse ») pour les femmes sikhs, autrefois adoptés lors de l’initiation au Khalsa, sont désormais conférés à tous les sikhs lors d’une cérémonie de naissance et de baptême (voir ci-dessous Rites et festivals). Tous ces changements ont été incorporés dans le Rahit, le code de croyance et de conduite sikh, qui a atteint presque sa forme finale au début du 20e siècle.
Le gourou Gobind Singh croyait que les forces du bien et du mal dans le monde se déséquilibrent parfois. Lorsque les forces du mal deviennent trop importantes, Akal Purakh intervient dans l’histoire humaine pour corriger l’équilibre, en utilisant des individus humains particuliers comme ses agents. À l’époque de Gobind Singh, les forces du mal, représentées par les Moghols sous Aurangzeb, avaient pris l’ascendant, et c’était la tâche de Gobind Singh, croyait-il, de rétablir l’équilibre. Au service de cette mission, les Sikhs étaient justifiés de tirer l’épée. Il exprima cette conviction dans le Zafar-nama (« Épître de la victoire »), une lettre qu’il adressa tard dans sa vie à Augangzeb.
Seulement après la création du Khalsa, le Guru fut attaqué par d’autres chefs shiwaliks ligués avec le gouverneur moghol de la ville de Sirhind. En 1704, il fut contraint de se retirer d’Anandpur, perdant deux de ses quatre fils dans la bataille qui suivit. Les deux fils restants furent faits prisonniers et livrés au gouverneur de Sirhind, qui les exécuta cruellement en les enterrant vivants. Le sort de ces deux enfants est resté un récit angoissant pour les Sikhs depuis lors.
D’Anandpur Gobind Singh s’est échappé vers le sud du Pendjab, où il a infligé une défaite à ses poursuivants à Muktsar. Il se rendit ensuite à Damdama, y demeurant jusqu’en 1706 et s’occupant, selon la tradition, de la révision finale de l’Adi Granth. À la mort d’Aurangzeb en 1707, Gobind Singh accepta d’accompagner le successeur d’Aurangzeb, Bahādur Shāh, en Inde du Sud. Arrivé à Nanded, sur les rives du fleuve Godavari, en 1708, il est assassiné par des agents du gouverneur de Sirhind.
Guru Gobind Singh est sans doute le bel idéal des sikhs. On trouve couramment des illustrations de lui et de Guru Nanak dans les foyers sikhs. Il est considéré comme l’exemple suprême de tout ce que doit être un Sikh de la Khalsa (un Gursikh). Sa bravoure est admirée, sa noblesse estimée, sa bonté profondément révérée. Le devoir de tout membre du Khalsa est donc de suivre sa voie et d’accomplir des œuvres qui seraient dignes de lui.
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