Conversion et ministère
La conversion de Bunyan au puritanisme fut un processus graduel dans les années qui suivirent son mariage (1650-55) ; elle est décrite de manière dramatique dans son autobiographie. Après une période initiale de conformité anglicane au cours de laquelle il se rendait régulièrement à l’église, il abandonna, lentement et à contrecœur, ses loisirs préférés que sont la danse, le son des cloches et les sports sur le green du village, et commença à se concentrer sur sa vie intérieure. Puis vinrent des tentations angoissantes de désespoir spirituel qui durèrent plusieurs années. Les « tempêtes » de la tentation, comme il les appelle, le secouent avec une violence presque physique ; des voix le poussent à blasphémer ; les textes des Écritures, qui lui semblent menacer la damnation, prennent une forme personnelle et « le pincent très fort ». Finalement, un matin, il crut qu’il avait cédé à ces voix de Satan et qu’il avait trahi le Christ : « Je suis tombé comme un oiseau qu’on abat de son arbre. » Dans son isolement psychopathique, il présente toutes les caractéristiques de l’esprit divisé des inadaptés telles qu’elles ont été analysées au XXe siècle. Bunyan, cependant, disposait d’un instrument psychologique contemporain pour le diagnostic de son état : la théologie pastorale du calvinisme du XVIIe siècle, qui interprétait la sinistre doctrine de l’élection et de la prédestination en termes de besoins réels des âmes, de preuves de leur progrès spirituel et de l’alliance de la grâce de Dieu. Les deux techniques, celle de l’analyste moderne et celle du prédicateur puritain, ont en commun l’objectif de retrouver l’intégrité du moi ; et c’est ce que Bunyan a réalisé lorsqu’il est sorti de sa période d’obscurité spirituelle, en commençant progressivement à sentir que son péché n’allait pas « jusqu’à la mort » et qu’il existait des textes pour réconforter aussi bien que pour terrifier. Son association avec l’église séparatiste de Bedford et son chef dynamique, John Gifford, l’a aidé dans son rétablissement. Il entra en pleine communion vers 1655.
La communauté de Bedford pratiquait le baptême des adultes par immersion, mais c’était une église de communion ouverte, admettant tous ceux qui professaient « la foi en Christ et la sainteté de vie. » Bunyan a rapidement prouvé ses talents de prédicateur laïc. Tout juste sorti de ses propres troubles spirituels, il était apte à avertir et à consoler les autres : « Je suis allé moi-même enchaîné pour prêcher aux enchaînés, et j’ai porté dans ma propre conscience le feu dont je les persuadais de se méfier. » Il rendait également visite aux membres de l’église et les exhortait, mais sa principale activité en 1655-60 était la controverse avec les premiers quakers, à la fois lors de débats publics dans les bourgs du Bedfordshire et dans ses premiers ouvrages imprimés, Some Gospel Truths Opened (1656) et A Vindication of Some Gospel Truths Opened (1657). Les quakers et les baptistes à communion ouverte se disputent l’allégeance religieuse des » mécaniciens « , c’est-à-dire des petits commerçants et artisans, en ville comme à la campagne. Bunyan fut rapidement reconnu comme un leader parmi les sectaires.
La Restauration de Charles II mit fin aux 20 années pendant lesquelles les églises séparées avaient joui de la liberté de culte et exercé une certaine influence sur la politique gouvernementale. Le 12 novembre 1660, à Lower Samsell dans le sud du Bedfordshire, Bunyan est traduit devant un magistrat local et, en vertu d’une ancienne loi élisabéthaine, accusé de tenir un service non conforme à ceux de l’Église d’Angleterre. Il refuse de donner l’assurance qu’il ne récidivera pas, est condamné aux assises en janvier 1661 et est emprisonné dans la prison du comté. Malgré les efforts courageux de sa seconde épouse (il s’était remarié en 1659) pour faire remonter son cas aux assises, il resta en prison pendant 12 ans. Une biographie de la fin du XVIIe siècle, ajoutée aux premières éditions de Grace Abounding, révèle qu’il soulageait sa famille en fabriquant et en vendant des » longues dentelles Tagg’d » ; les conditions de détention étaient suffisamment clémentes pour qu’il soit parfois libéré afin de rendre visite à des amis et à sa famille et de prendre la parole lors de réunions.