Pyélonéphrite et bactériémie à Lactobacillus delbrueckii

Abstract

Les lactobacilles sont des colonisateurs normaux de l’oropharynx, du tractus gastro-intestinal et du vagin. L’infection est rare, mais a été signalée chez des personnes présentant des conditions prédisposantes. Nous décrivons ici le cas d’une femme présentant une pyélonéphrite et une bactériémie dans laquelle Lactobacillus delbrueckii a été déterminé comme étant l’agent causal.

1. Introduction

Les lactobacilles sont des bâtonnets gram positifs commensaux ubiquitaires qui colonisent les surfaces muqueuses de l’oropharynx, du tractus gastro-intestinal et du vagin. Bien que rares, des rapports ont montré que les lactobacilles peuvent causer des bactériémies, des endocardites subaiguës, des infections urinaires, des méningites, des chorioamnionites, des endométrites, des abcès et des caries dentaires. La prévalence réelle de l’infection par les lactobacilles est probablement sous-estimée dans la littérature médicale, car cette bactérie est généralement considérée comme commensale ou contaminante lorsqu’elle est identifiée. À notre connaissance, il s’agit du premier cas de pyélonéphrite et de bactériémie causées par L. delbrueckii. Nous passons en revue la littérature afin d’identifier les principaux facteurs de risque de bactériémie à Lactobacillus d’origine rénale, notamment : urolithiase, diabète, cancer et utilisation récente de certains antibiotiques. Nous décrivons ici notre cas pour démontrer une maladie importante chez une personne présentant de multiples conditions prédisposantes.

2. Rapport de cas

Une femme de 68 ans s’est présentée aux urgences avec de la fièvre, des frissons, des nausées et des vomissements. Elle a été diagnostiquée avec une infection des voies urinaires par une analyse d’urine et a été renvoyée chez elle sous ciprofloxacine 500 mg deux fois par jour. Elle est revenue le jour suivant avec des fièvres persistantes, des frissons, des nausées, des vomissements et une nouvelle confusion, une diaphorèse, des douleurs abdominales et du flanc gauche. Ses antécédents médicaux significatifs comprenaient un diabète sucré de type 2 non contrôlé, une hypothyroïdie, une bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) et le tabagisme.

À l’examen, la patiente était fébrile (39,4 °C), hypotendue (75/20 mmHg), tachycardique (pouls 104 battements/minute), tachypnéique (fréquence respiratoire 24/minute) et hypoxique (saturation en oxygène de 78 % à l’air ambiant). Elle était confuse et semblait fatiguée. On a noté une sensibilité de l’angle costo-vertébral gauche et une sensibilité sus-pubienne. Les données de laboratoire ont montré un taux de globules blancs normal (de 5,0 × 109/L). La glycémie était élevée à 362 mg/dL (normale 70-110 mg/dL). L’azote uréique du sang et la créatinine étaient élevés à 28 mg/dL (normal 10-20 mg/dL) et 1,7 mg/dL (normal 0,6-1,1 mg/dL), respectivement. L’analyse d’urine a montré un pH de 5 (normal 5-8), des nitrites négatifs, 3 plus leucocyte esterase/high powered field (hpf), 20-30 globules blancs (WBC)/hpf et un glucose de 1000 mg/dL.

Le patient a été admis aux soins intensifs avec une suspicion de sepsis d’origine rénale. Des antibiotiques intraveineux ont été initiés, dont la vancomycine 1 gramme toutes les 24 heures et le céfépime 2 grammes toutes les 24 heures. Une échographie rétropéritonéale et une tomographie abdominopelvienne ont montré un calcul urétéral gauche de 6 mm partiellement obstruant avec une légère hydronéphrose gauche. Une cystoscopie a été réalisée avec mise en place d’un stent double J avec manipulation du calcul dans le rein. Les cultures d’urine de sa visite initiale aux urgences et de l’hospitalisation ultérieure des deux échantillons de prise propre et de cathétérisme droit ont démontré des espèces de Lactobacillus de >100 000 unités formatrices de colonies (UFC)/mL.

Les cultures de sang ont cultivé des bâtonnets à Gram positif dans les flacons aérobies et anaérobies dans quatre ensembles sur quatre. L’isolat d’hémoculture récupéré a révélé Lactobacillus delbrueckii. Des tests de sensibilité ont été réalisés et la concentration minimale inhibitrice (CMI) en mcg/mL a été interprétée et rapportée pour l’ampicilline (≤0,120, sensible), la clindamycine (≤0,500, sensible), l’érythromycine (≤0,250, sensible), la gentamicine (≤2, sensible), la pénicilline (≤0.060, sensible), et vancomycine (≤0,250, sensible) selon les directives du Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI).

Après l’identification des espèces de Lactobacillus, la vancomycine et le céfépime ont été interrompus et le patient a été mis sous ampicilline 2 grammes IV toutes les 6 heures. Toutes les cultures sanguines et urinaires ultérieures se sont révélées négatives. L’état de la patiente a continué à s’améliorer tout au long de l’hospitalisation et elle est sortie dans un établissement de soins spécialisés une semaine après son admission, avec un suivi ambulatoire rapproché. Elle a suivi un traitement de deux semaines à l’ampicilline, puis a subi une urétéroscopie et une lithotripsie au laser holmium de la caculi. Elle est stable à ce jour, 9 mois après la présentation.

3. Discussion

Les lactobacilles sont des bâtonnets gram positifs commensaux ubiquitaires qui colonisent les surfaces muqueuses de l’oropharynx, du tractus gastro-intestinal et du vagin. Ils sont anaérobies ou anaérobies facultatifs et fermentent le glucose pour produire de l’acide lactique. Bien que rares, les lactobacilles ont été signalés comme pouvant causer des infections chez les personnes sensibles. Des rapports ont montré que les lactobacilles provoquent des bactériémies , des endocardites subaiguës , des infections urinaires , des méningites , des chorioamnionites , des endométrites , des abcès et des caries dentaires .

Un débat existe sur la signification des lactobacilles identifiés dans les spécimens cliniques. La véritable prévalence de l’infection à Lactobacilli est probablement sous-déclarée dans la littérature médicale, car la bactérie est généralement considérée comme commensale ou de contamination lorsqu’elle est identifiée. Le taux de mortalité associé à la seule bactériémie à Lactobacillus est considéré comme faible : Husni et al. ont montré que la bactériémie à Lactobacillus disparaissait chez 98 % () des patients après un traitement approprié. Cependant, la littérature a montré que la mortalité à un an après une bactériémie à Lactobacillus variait de 48 % à 69 %. Dans la plupart des cas, la cause du décès était attribuée à une maladie sous-jacente plutôt qu’à une bactériémie à Lactobacillus. Ainsi, les lactobacilles sont des agents pathogènes peu communs mais peuvent servir de marqueur pour des conditions graves et rapidement fatales.

La bactériémie d’origine rénale due à des espèces de Lactobacillus est rare. À notre connaissance, il s’agit du premier cas de septicémie d’origine rénale causée par L. delbrueckii. Notre revue de la littérature a révélé un cas d’infection des voies urinaires causée par L. delbrueckii . Cinq autres cas de bactériémie à Lactobacillus d’origine rénale ont été trouvés en plus de notre cas, comme le montre le tableau 1. Les cas concernaient principalement des femmes dans les 6e et 7e décennies de leur vie. Risk factors for Lactobacillus bacteremia from a renal source include urolithiasis, use of certain antibiotics, and immunocompromising conditions such as diabetes and cancer .

The pathogenesis of Lactobacillus bacteremia from a renal source is likely multifactoral. In immunocompetent patients, lactobacilli are thought to stimulate the local and systemic immune response and enhance mucosal function . However, when mucosal function is compromised in certain clinical settings, at-risk individuals may be predisposed to Lactobacillus infection. Urolithiasis can cause urinary stasis which increases the risk of urinary tract infection . Un diabète non contrôlé peut entraîner une atteinte vasculaire, une nécrose papillaire rénale et une néphropathie qui peuvent contribuer à augmenter le risque d’infection. L’utilisation de certains antibiotiques peut sélectionner les espèces de Lactobacillus et provoquer une infection chez les personnes sensibles. Des études ont montré une résistance presque uniforme au triméthoprime-sulfaméthoxazole et à la ciprofloxacine, ainsi qu’une résistance générale à la vancomycine, au métronidazole et aux céphalosporines de troisième génération. Bien que très rare, l’utilisation de probiotiques a été associée au développement de bactériémies à Lactobacillus. Bien que notre patiente ait nié prendre des suppléments de probiotiques, elle a indiqué qu’elle consommait un pot de yaourt par jour. Par définition, la production de yaourt dépend de l’interaction entre 2 sous-espèces bactériennes spécifiques : Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus et Streptococcus salivarius ssp. thermophilus . Il est donc possible que notre patiente ait développé une colonisation vaginale par L. delbrueckii suite à la consommation de yaourt et qu’elle ait développé une infection des voies urinaires, une pyélonéphrite et une septicémie dans le cadre d’une stase urinaire avec de multiples facteurs prédisposants. Bien que cette théorie ne puisse être prouvée, nous avons demandé à notre patient d’éviter le yaourt et les probiotiques à l’avenir par mesure de précaution.

Dans notre cas, l’analyse de laboratoire soutient Lactobacillus delbruekii comme cause de l’infection. Le pH acide (5,0) sur plusieurs analyses d’urine était cohérent avec une infection par la bactérie puisque chez les espèces Lactobacillus, une grande partie du carbone est transformée en acides organiques . Toutes les analyses d’urine ont montré des résultats négatifs pour les nitrites, ce qui est cohérent avec la bactérie puisque les lactobacilles ne réduisent pas les nitrates. Les échantillons d’urine positifs provenant d’une miction à mi-courant, d’un cathéter droit et d’un bassin rénal ont montré des espèces de Lactobacillus pures en quantités significatives. Quatre des quatre hémocultures aérobies et anaérobies ont cultivé des espèces de Lactobacillus en quantités significatives. L’analyse de l’isolat d’hémoculture a été confirmée comme étant L. delbrueckii par quatre bases de données, notamment Silva-Living Tree, BLAST NCBI (Basic Local Alignment Search Tool of the National Center for Biotechnology Information), RDP (Ribosomal Database Project) et SmartGene pour confirmer le séquençage des gènes. Toutes les données étaient cohérentes avec l’identification et la différenciation des espèces (selon les directives de séparation de 0,8 % pour atteindre la différenciation des espèces). Malgré l’analyse de nombreux échantillons d’urine et de sang, aucun organisme concomitant n’a été identifié. Bien qu’une analyse plus poussée des cultures d’urine pour identifier les espèces de Lactobacillus aurait été utile pour confirmer que L. delbrueckii est l’agent causal, elles n’ont pas été envoyées car les résultats n’auraient pas changé la gestion clinique à ce moment-là.

4. Conclusion

En conclusion, nous rapportons le cas d’un patient atteint de pyélonéphrite et de bactériémie dans lequel L. delbrueckii a été déterminé comme étant l’agent causal. Bien que les lactobacilles soient des agents pathogènes peu communs, ce cas démontre une maladie importante chez un individu présentant de multiples conditions prédisposantes. Ainsi, nous suggérons une évaluation rapide et un traitement approprié avec l’identification des lactobacilles chez les personnes présentant des facteurs de risque, y compris l’urolithiase, l’utilisation récente d’antibiotiques et/ou des conditions immunologiquement compromettantes telles que le diabète ou le cancer.

Divulgation

Les auteurs déclarent par la présente qu’ils n’ont aucune relation financière pertinente pour cet article.

Conflit d’intérêts

Les auteurs déclarent qu’ils n’ont aucun conflit d’intérêts pertinent pour cet article.