La Tenure of Office Act limitait le pouvoir du président de suspendre un fonctionnaire pendant que le Sénat n’était pas en session. (À l’époque, le Congrès siégeait pendant une partie relativement faible de l’année.) Si, lorsque le Sénat se réunissait à nouveau, il refusait de ratifier la destitution, le président était tenu de réintégrer le fonctionnaire.
En août 1867, le Sénat n’étant pas en session, Johnson fit son coup contre Stanton, le suspendant en attendant la prochaine session du Sénat. Lorsque le Sénat se réunit le 13 janvier 1868, il refuse cependant de ratifier la destitution par un vote de 35-6. Malgré ce vote, le président Johnson nomma le général Ulysses S. Grant au poste de secrétaire à la Guerre car il voulait, par cette action, créer un dossier permettant de contester la légitimité de la loi devant la Cour suprême. La procédure de mise en accusation de Johnson a commencé dans les jours qui ont suivi, la première mise en accusation d’un président des États-Unis. Après un procès de trois mois, Johnson évite de justesse la destitution par le Sénat par une seule voix. Stanton démissionne en mai 1868.
Il était très difficile de savoir si Johnson avait violé la loi sur la tenure des fonctions qui a conduit à la mise en accusation. La formulation de l’acte était obscure, et il n’était pas clair si son renvoi de Stanton (un rescapé de l’administration Lincoln que Johnson n’avait pas nommé) violait l’acte. Si la loi, de par ses termes, s’appliquait aux titulaires de fonctions actuelles, elle limitait également la protection offerte aux membres du Cabinet à un mois après l’entrée en fonction d’un nouveau président.
La Constitution confédérée était plus explicite sur la révocation des fonctions exécutives du gouvernement fédéral. Elle prévoyait que « l’officier principal de chacun des départements exécutifs , et toutes les personnes liées au service diplomatique, peuvent être démis de leurs fonctions au bon vouloir du président. » Tous les autres fonctionnaires civils du département exécutif ne pouvaient être révoqués que « lorsque leurs services sont inutiles, ou pour malhonnêteté, incapacité, inefficacité, mauvaise conduite ou négligence du devoir, et lorsqu’ils sont ainsi révoqués, la révocation doit être rapportée au Sénat, ainsi que les raisons de cette révocation. »
Compte tenu du désaccord sur la question de savoir si la loi sur la permanence des fonctions violait la Constitution des États-Unis, la bonne marche à suivre n’aurait pas été de mettre en accusation le président, mais pour Stanton d’intenter une action en justice pour licenciement abusif et arriérés de salaire, comme cela s’est produit dans l’affaire ultérieure de Myers contre les États-Unis.