Diagnózis. A Brookesia minima csoport tagja a kis testméret (SVL,20 mm) és a molekuláris filogenetikai kapcsolatok alapján. A Brookesia micra-t a csoport összes többi tagjától a rövidebb relatív farokhossz (farokhossz/SVL 0,37-0,49 vs. 0,49-0,92), valamint a felnőttek életében narancssárga színű farok (vs. a nem feltűnő barnás szín) különbözteti meg. Ezen kívül a B. confidens-től a kisebb felnőtt hím mérete (SVL 15,1- 15,3 mm vs. 18,3-20,1 mm), a szupranazális kúp jelenléte (vs. hiánya) és a fésűszerű apikális struktúrájú hemipenis (vs. keskeny, díszítés nélküli); a B. dentata-tól a valószínűleg kisebb felnőtt testméret (a hím B. dentata mérései nem állnak rendelkezésre); a B. exarmata-tól a kisebb felnőtt testméret (nőstény SVL 18.7-19,9 vs. 25,7-26,5, a B. exarmata esetében nem állnak rendelkezésre hím mérések); a B. karchei-től kisebb méret (a nőstény SVL 18,7-19,9 vs. 30,7, a B. karchei esetében nem állnak rendelkezésre hím mérések); a szupraokuláris kúp hiányzik (vs. jelen van); a B. minima-tól a medencetüske jelenléte (vs. hiányzó vagy homályos medencetüske) és a fésűszerű csúcsszerkezetű hemipenis (vs. nem áll rendelkezésre hím mérések) alapján. ballonszerű, díszek nélküli); a B. peyrierasi-tól a kisebb felnőtt hím mérete (SVL 15,1-15,3 mm vs. 19,1-27,4 mm), és a fésűs csúcsszerkezetű hemipenis (vs. kétágú, négy tüskével mindkét lebenyben); a B. peyrierasi-tól a B. ramanantsoai-tól a kisebb felnőtt hím mérete (SVL 15,1-15,3 mm vs. 21,7 mm), a szupraokuláris kúp hiányzik (vs. néhány példányban jelen van), és a hemipenis fésűszerű csúcsszerkezetű (vs. fésűs). a B. tristis-től a kisebb felnőtt hím mérete (SVL 15,1-15,3 mm vs. 18,0-18,2 mm) és a fésűszerű csúcsszerkezetű hemipenis (vs. a csúcson lévő kis papillák nem fésűszerűen elrendezettek); és a B. tuberculata-tól a szupraokuláris kúp hiánya (vs. jelenléte) és a fésűszerű csúcsszerkezetű hemipenis (vs. korona-szerű szerkezet) alapján.) Az alább leírt B. desperata-tól való megkülönböztetést lásd a faj diagnózisánál. A 16S rRNS gén egy töredékére hivatkozva a B. micra 6,8%-os nem korrigált páronkénti eltérést mutat testvérkládjával (B. tristis+B. desperata), és .7,2%-os eltérést a B. minima csoport összes többi fajával.