A név először egy 1146-os oklevélben jelent meg, amelyben Frankenstein szabad nemesét (Edelfrei) Helenger of Frankensteint említik. A vár kezdete azonban feltételezhetően korábbi időpontra tehető, mivel különböző oklevelek egy 1100 körüli védőtorony felállításáról számolnak be.
A torony a közeli Limburg apátsághoz tartozott, amely a Speyer, Dürkheim és Worms felé vezető út biztonságáért felelt. A kolostor 1205-ben a leiningeni grófokat bízta meg ezzel a feladattal. A grófok a 13. század elején a tornyot várrá bővíttették.
1204 és 1231 között az oklevelek Marquard, Friedrich és Helenger von Frankenstein lovagokat említik, mint a várért felelős adminisztrátorokat. 1390 körül Frankenstein vára közös örökségi várrá vált, amikor a Limburgi Apátság elzálogosította a vár felét az einselthumi uraknak. E zálogjog egy részét a 15. század elején a Nassau -Saarbrücken és Leiningen-Hardenburg grófok vették át.
A 15. század második felében a vár megsérült I. Frigyes hercegprímás és I. Ludwig zweibrückeni pfalzgróf közötti harcokban. A vár további károkat szenvedett, feltehetően 1512-ben, amikor I. Maximilián császár parancsára a nassaui gróf elfoglalta. 1560-tól a német parasztháborúban a vár elpusztult és lakhatatlannak minősült. Ennek ellenére stratégiai fekvése miatt katonai célokat szolgált.
A harmincéves háborúban Ambrosio Spinola spanyol tábornok elfoglalta a várat. A spanyol örökösödési háborúban francia csapatok elhelyezésére használták. Bizonyított, hogy ezek a csapatok még 1703-ban is használták a várkápolnát misére.
1706-ban a Kurpfalz birtokába került a vár Nassau-Saarbrücken-i része.
Amikor a Pfalz Bajorországhoz került, a vár romjait 1883-84-ben biztosították. Újabb korszerűsítésre 1938-39-ben került sor.
Napjainkban a vár Rajna-vidék-Pfalz tartomány tulajdonában van. Az 1970-es és 1980-as években a vár egyes részeit restaurálták, és egy korábban ismeretlen pajzsfal alapjait tárták fel.