Tegh Bahadur halála után Guru Gobind Singh (1666-1708), Guru Nanak kivételével az összes guru közül a legjelentősebb, átvette a szikhek vezetését. Gobind Rai, akinek nevét valószínűleg a Khalsa megalakulásakor Gobind Szingh-re változtatták, Patnában született, Guru Tegh Bahadur egyetlen gyermekeként. Ötéves korában Anandpurba vitték, ahol szanszkrit és perzsa nyelveken, valamint a költészet és a hadviselés művészetében tanult. Apjának Aurangzeb által Delhiben végrehajtott kivégzése mély benyomást tehetett a gyermekre. A guru utódlása után néhány évig a Shiwalik-hegységben folytatta tanulmányait. Egy kis Shiwalik állam uralkodójaként nőtt fel férfivá, részt vett különböző háborúkban más shiwalik törzsfőnökök ellen, és különös örömét lelte a vadászatban.
A szikh hagyomány szerint a 17. század végén, Baisakhi napján (az indiai újév) (a pontos évszám bizonytalan, de valószínűleg 1699-ben volt) vásárt tartottak Anandpurban, és minden szikhnek meg kellett jelennie. A Guru rejtve maradt, amíg az ünnepség a tetőfokára nem hágott, amikor hirtelen megjelent egy sátorból, kivont karddal a kezében, és egyik hűséges követőjének a fejét követelte. A tömeg azonnal elhallgatott, és csodálkozott, hogy mi történt. A Guru megismételte a parancsot, és végül Daya Singh önként jelentkezett, és egy paraván mögé vitték, hogy elküldjék. Gobind Szingh ekkor újra megjelent, kardja vértől csöpögött, és egy második áldozatot követelt. Őt is a paraván mögé kísérték, és ismét kardcsattogás hallatszott. Így öt hűséges szikh vállalta, hogy meghal a mesteréért. Amikor a jelek szerint az ötödiket is elintézte, a paravánt eltávolították, és mind az ötöt nagyon is élőnek látták. A lábuknál öt levágott kecske feküdt. Az öt önkéntes lett a Panj Piare, a “Megbecsült Öt”, akik bebizonyították, hogy hűségük megkérdőjelezhetetlen.
Guru Gobind Szingh elmagyarázta, hogy a Panj Piare egy új rend, a Khalsa (“a Tiszta”, a perzsa khalisah-ból, ami szintén “tiszta”-t jelent) kezdete kíván lenni. A maszandok (akik közül sokan civakodóvá vagy korruptakká váltak) megszűnnének, és minden szikh a kalsába való beavatás révén közvetlenül a Gurunak tartozna hűséggel. Gobind Szingh ezután megkezdte az amrit sanskar (“nektár-szertartást”), a Panj Piare beavatási szertartását. Amikor a szertartás befejeződött, a Panj Piare magát a Gurut is beavatta. A rend ezután megnyílt mindenki előtt, aki csatlakozni akart, és a szikh hagyomány szerint hatalmas tömegek jelentkeztek.
Meg kell jegyezni, hogy sok szikh hiedelmével ellentétben a mai Khalsa néhány központi jellemzője nem létezett Gobind Szingh idejében. Például, bár a Guru megkövetelte, hogy a kalsába beavatottak fegyvert viseljenek, és soha ne vágják le a hajukat (hogy legalább a férfiak soha ne tagadhassák le, hogy khalsa szikhek), az “öt K” – a kesz vagy a kesh (vágatlan haj) – viselése, kangha (fésű), kachha (rövid nadrág), kara (acél karkötő) és kirpan (szertartási kard) – nem vált minden szikh számára kötelezővé egészen a Singh Sabha, a 19. század végi és a 20. század eleji vallási és oktatási reformmozgalom megalakulásáig. A szikh esküvői szertartás, amelyben a menyasszony és a vőlegény a Guru Granth Sahib körül sétálnak, szintén modern fejlemény, az 1909-es Anand házassági törvény váltotta fel az alapvetően hindu rítust, amelyben a menyasszony és a vőlegény egy szent tűz körül sétálnak. A Singh (“Oroszlán”) nevet a szikh férfiaknak és a Kaur (“Hercegnő”) nevet a szikh nőknek, amelyet korábban a Khalsa-ba való beavatáskor vettek fel, ma már minden szikhnek születési és névadási szertartás keretében adományozzák (lásd alább: Rítusok és ünnepek). Mindezek a változások beépültek a Rahitba, a szikh hit- és viselkedési kódexbe, amely majdnem végleges formáját a 20. század elején nyerte el.
Guru Gobind Singh hitt abban, hogy a világban a jó és a rossz erői néha kibillennek az egyensúlyból. Amikor a gonosz erői túl nagyra nőnek, az Akal Purakh beavatkozik az emberi történelembe, hogy az egyensúlyt helyreállítsa, bizonyos emberi személyeket használva ügynökeiként. Gobind Szingh idejében a gonosz erői, amelyeket az Aurangzeb vezette mogulok képviseltek, fölénybe kerültek, és Gobind Szingh feladata volt, hogy helyreállítsa az egyensúlyt. E küldetés szolgálatában a szikheknek jogosan kellett kardot rántaniuk. Ezt a meggyőződését a Zafar-námában (“Győzelmi levél”) fejezte ki, amelyet élete végén Augangzebnek címzett.
Nem sokkal a Khalsa megalakulása után a Gurut megtámadták más siwalik törzsfőnökök, akik szövetségben voltak Sirhind városának mogul kormányzójával. 1704-ben kénytelen volt visszavonulni Anandpurból, és az ezt követő csatában négy fia közül kettőt elvesztett. A két megmaradt fiút foglyul ejtették és átadták Sirhind kormányzójának, aki kegyetlenül kivégezte őket, elevenen felkoncolva őket. E két gyermek sorsa azóta is gyötrelmes történet a szikhek számára.
Anandpurból Gobind Szingh Punjab déli részére menekült, ahol Muktsarnál vereséget mért üldözőire. Ezután Damdamába költözött, ahol 1706-ig maradt, és a hagyomány szerint az Adi Granth végső átdolgozásával foglalkozott. Amikor Aurangzeb 1707-ben meghalt, Gobind Singh beleegyezett, hogy elkíséri Aurangzeb utódját, Bahādur Shāh-t Dél-Indiába. A Godavari folyó partján fekvő Nandedba érkezve 1708-ban Sirhind kormányzójának ügynökei meggyilkolták.
Guru Gobind Singh kétségkívül a szikhek szépideálja. A szikh otthonokban gyakran találhatók róla és Guru Nanakról készült illusztrációk. Őt tekintik a legfőbb példaképnek mindarra, aminek egy khalsa szikhnek (gursikh) lennie kell. Bátorságát csodálják, nemességét tisztelik, jóságát mélyen tisztelik. Ezért minden Khalsa-tag kötelessége, hogy az ő útját kövesse, és olyan cselekedeteket végezzen, amelyek méltóak hozzá.