Megtérés és szolgálat
Bunyan megtérése a puritanizmushoz fokozatos folyamat volt a házasságát (1650-55) követő években; önéletrajzában drámai módon írja le. Az anglikán konformizmus kezdeti időszaka után, amikor rendszeresen járt templomba, lassan és vonakodva felhagyott kedvenc szabadidős tevékenységeivel, a tánccal, a harangozással és a falu zöldjén való sportolással, és a belső életére kezdett koncentrálni. Ezután következtek a lelki kétségbeesés több éven át tartó gyötrelmes kísértései. A kísértés “viharai”, ahogy ő nevezi őket, szinte fizikai erőszakkal ostromolták; hangok káromlásra buzdították; a Szentírás szövegei, amelyek úgy tűntek számára, hogy kárhozattal fenyegetnek, személyes formát öltöttek, és “nagyon fájdalmasan csípték őt”. Végül egy reggel azt hitte, hogy megadta magát a Sátán e hangjainak, és elárulta Krisztust: “Leestem, mint a madár, amelyet lelőttek a fáról”. Pszichopatikus elszigeteltségében az elmebajosok megosztott elméjének minden jellemzőjét bemutatja, ahogyan azokat a 20. században elemezték. Bunyannak azonban volt egy korabeli pszichológiai eszköze állapotának diagnosztizálására: a 17. századi kálvinizmus lelkipásztori teológiája, amely a kiválasztás és predesztináció zord tanítását a lelkek valódi szükségletei, a bennük tapasztalható lelki fejlődés bizonyítékai és Isten kegyelmének szövetsége szempontjából értelmezte. Mindkét technikában, a modern elemző és a puritán prédikátor technikájában közös a cél, az én integritásának visszaszerzése; és Bunyan ezt érte el, amikor a lelki sötétség időszakából kilépve fokozatosan kezdte érezni, hogy bűne “nem halálra való”, és hogy vannak olyan szövegek, amelyek nemcsak vigasztalnak, hanem meg is rémísztik. Felépülésében segítette őt a bedfordi szeparatista gyülekezettel és annak dinamikus vezetőjével, John Gifforddal való kapcsolata. 1655 körül lépett be a teljes közösségbe.
A bedfordi közösség a felnőttkeresztséget bemerítéssel gyakorolta, de nyitott közösségű egyház volt, amely mindenkit befogadott, aki vallotta “a Krisztusban való hitet és az életszentséget”. Bunyan hamarosan bebizonyította, hogy laikus prédikátorként is tehetséges. A saját lelki gondjaitól frissen megszabadulva alkalmas volt arra, hogy másokat figyelmeztessen és vigasztaljon: “Magam is láncra verve mentem, hogy a láncra verteknek prédikáljak, és a saját lelkiismeretemben hordoztam azt a tüzet, amelyről meggyőztem őket, hogy óvakodjanak”. Aktívan látogatta és buzdította az egyháztagokat is, de 1655-60-ban fő tevékenysége a korai kvékerekkel való vitatkozás volt, mind a nyilvános vitákban fel és alá Bedfordshire piaci városaiban, mind pedig első nyomtatott műveiben, a Some Gospel Truths Opened (1656) és A Vindication of Some Gospel Truths Opened (1657) címűekben. A kvékerek és a nyílt közösségű baptisták riválisok voltak a “mechanikusok”, vagyis a kisiparosok és kézművesek vallási hűségéért a városban és vidéken egyaránt. Bunyant hamarosan a szektások vezetőjeként ismerték el.
II. Károly restaurációja véget vetett annak a húsz évnek, amely alatt a különvált egyházak szabad vallásgyakorlást élveztek és némi befolyást gyakoroltak a kormány politikájára. 1660. november 12-én a dél-bedfordshire-i Lower Samsellben Bunyant a helyi bíró elé állították, és egy régi, Erzsébet-kori törvény alapján azzal vádolták, hogy az anglikán egyházéval nem egyező istentiszteletet tartott. Nem volt hajlandó biztosítékot adni arra, hogy nem ismétli meg a vétséget, 1661 januárjában az esküdtszék elítélte, és a megyei börtönben raboskodott. Annak ellenére, hogy második felesége (1659-ben újra megnősült) bátran próbálta elérni, hogy ügyét az esküdtszék elé vigyék, 12 évig börtönben maradt. Egy 17. század végi életrajzból, amelyet a Grace Abounding korai kiadásaihoz csatoltak, kiderül, hogy családját “long Tagg’d csipkék” készítésével és eladásával könnyítette meg; a börtönkörülmények elég enyhék voltak ahhoz, hogy időnként kiengedjék, hogy meglátogassa barátait és családját, és gyűléseket tartson.