Az eubaktériumok egy különleges csoportja, amelyet érdemes megemlíteni, a mikoplazmák. A más Gram-pozitívokkal való rokonságuk alapján Gram-pozitívnak minősülnek, de mivel a mikoplazmáknak nincs sejtfaluk, funkcionálisan Gram-negatívak. A mikoplazmák a legkisebb eubaktériumok és a legkisebb, önálló szaporodásra képes szervezetek. Alig nagyobbak, mint egyes vírusok.A mikoplazmák rendkívül egyszerű sejtszerkezettel, kis genommal rendelkeznek, ezért evolúciós szempontból különösen érdekesek.
Amint az imént láttuk, az eubaktériumok rendkívül változatosak és a környezetükre specializálódtak. Meglepő módon a legtöbb eubakteriális sejt szerkezete viszonylag egyszerű.
A növényekben és állatokban található összetett, fehérjékből és DNS-ből álló kromoszómák helyett az eubaktériumok prokarióta kromoszómákkal rendelkeznek, amelyek kisebbek és kevesebb kapcsolódó fehérjével rendelkeznek. Az eubaktériumok körkörös DNS-molekulákkal, úgynevezett plazmidokkal is rendelkeznek. A prokarióta kromoszómák és plazmidok nem egy központi magban vannak elhelyezve, mivel az eubaktériumoknak, mint a prokariótáknak, nincs magmembránjuk. Ehelyett a plazmidok általában a citoplazma viszonylag tiszta, nukleoidoknak nevezett területein találhatók. A citoplazma többi részét riboszómák, a sejt fehérjeszintézis gépezete tölti ki. Míg az eubaktériumokból hiányoznak az eukarióta sejtekben található szervezett organellumok, sok eubaktérium rendelkezik speciális belső membránnal. A cianobaktériumok membránjai például klorofillt és más, a fotoszintézishez szükséges vegyi anyagokat tartalmaznak.
Néhány eubaktérium sejtfala a plazmamembránon kívül helyezkedik el. Ezek hasonlóak a növények és gombák sejtfalához, de cellulóz vagy kitin helyett peptidoglikánból állnak. Egyes eubaktériumokban ezt a sejtfalat egy másik, külső membránnak nevezett réteg fedi. Sok eubaktériumnak van még egy bevonó rétege, amelyet kapszulának neveznek. Ez többnyire összetett cukrokból áll, és arra szolgál, hogy megvédje a sejtet a környezeti veszélyektől, például a gazdaszervezet immunvédelmének támadása vagy a kiszáradás ellen.
Mozgékonyság
Néhány eubaktérium mozgékony. A legtöbb esetben a flagelláknak nevezett forgó szerkezetek teszik lehetővé a mozgásukat. A flagella kifejezést a protiszták és más eukarióta sejtek hasonló mozgási struktúráira is használják, de a kettő nem ugyanaz, és nem szabad összekeverni. A prokarióta flagellák flagellin nevű fehérje alegységekből állnak, míg az eukarióta flagellák tubulinból álló mikrotubulusok tömbjeiből. A prokarióta flagellák a plazmamembránban rögzülnek, és spirális mozgást végeznek. Az eukarióta flagellákat a plazmamembrán zárja körül, és csak előre-hátra csapkodva tudnak mozogni. A prokarióta flagellák e szerkezete alól kivételt képeznek egyes spirochétafajok, amelyek flagellái hasonlítanak az eukarióták flagelláihoz. Úgy vélik, hogy az eukarióták a flagellákat az ilyen spirochétákkal való szimbiózis révén alakíthatták ki.
Alak
Az eubaktériumokat gyakran alakjuk alapján osztályozzák. Három fő alaki kategóriába sorolhatók. A gömb alakú eubaktériumokat kokciknak, a rúd alakú eubaktériumokat bacilusoknak, a spirális vagy spirális alakú eubaktériumokat spirilláknak nevezik.
Az eukarióta sejtekkel ellentétben, amelyek osztódásuk során az eubaktériumok bináris osztódással vagy meiózissal szaporodnak. Ebben a folyamatban a genetikai anyag replikálódik, és a kétmásolat különálló nukleoid régiókba költözik. Ezután a plazmamembrán befelé húzódik, és két egyenlő leánysejt keletkezik. Míg ezek a leánysejtek egymástól teljesen függetlenek, egyes fajoknál együtt maradnak, telepeket és fonalakat alkotva. A bináris hasadás nagyon gyorsan, körülbelül 20 percenként egy hasadással történhet, ami az eubaktériumok elképesztő replikációs képességét magyarázza.