A paraziták és a baktériumok az emberiséggel együtt fejlődtek ki, és számtalan módon folyamatosan kölcsönhatásba lépnek egymással. Például egyes bakteriális fertőzések a parazitákban élő baktériumokból erednek, mint például a szalmonellafertőzés a schistosomiasis során. Más baktériumok parazitákkal szinergizálnak az emberi betegségek kialakulásában, mint a Wolbachia endoszimbionta baktériumok és a filáriás fonálférgek közötti kölcsönhatás, valamint a Gram-negatív baktériumok és a Schistosoma haematobium közötti kölcsönhatás a húgyhólyagrák patogenezisében. Ezenkívül a másodlagos bakteriális fertőzések számos parazitás betegséget, például a visceralis leishmaniasist és a maláriát is megnehezíthetik, a gazdaszervezetnek a parazitás fertőzések során fellépő immunszuppressziója miatt. Baktériumok kolonizálhatják a parazita elváltozásokat is; például a hidatidacisztákat és az ektoparaziták bőrelváltozásait. Figyelemre méltó, hogy egyes parazita helminták és ízeltlábúak antibakteriális aktivitást mutatnak általában specifikus antimikrobiális termékek felszabadításával. Végül, néhány parazita-baktérium kölcsönhatást idéznek elő, mint amikor probiotikus baktériumokat használnak a különböző parazita fertőzések kimenetelének módosítására. Összefoglalva, a parazita-baktérium kölcsönhatások olyan bonyolult folyamatokat foglalnak magukban, amelyek folyamatosan izgatják a kutatókat. E kölcsönhatások megértése és kiaknázása azonban mindkét kórokozótípus által okozott fertőzések esetében profilaktikus és gyógyító potenciállal bírhat.