Il ceppo ancestrale del cavallo del Sud America discendeva da cavalli portati nell’emisfero occidentale dagli spagnoli di stirpe andalusa e altre linee di sangue iberiche. Nella parte meridionale del continente, un numero significativo di questi cavalli si è sviluppato all’interno di condizioni geograficamente isolate e verso la metà del 19° secolo, c’era un numero qualsiasi di animali più piccoli e consanguinei nelle mandrie dei Mapuche della provincia meridionale di Buenos Aires a Olavarría, Argentina. Il cavallo Falabella è stato originariamente sviluppato in Argentina da cavalli locali di ceppo Criollo, a partire dal 1868 con il programma di allevamento di Patrick Newtall. Quando Newtall morì, la mandria e i metodi di allevamento passarono al genero di Newtall, Juan Falabella. Juan aggiunse altre linee di sangue, tra cui il pony gallese, il pony Shetland e i piccoli purosangue. Con un considerevole inbreeding, è stato in grado di ottenere costantemente dimensioni ridotte all’interno della mandria.
A partire dagli anni ’40, un discendente, Julio C. Falabella, creò un registro formale della razza, gli Establecimientos Falabella, ora Asociación de Criadores de Caballos Falabella (Associazione degli allevatori di cavalli Falabella), e lavorò per standardizzare la razza per raggiungere un’altezza costante, raggiungendo dapprima una dimensione media di meno di 100 cm (40 in) In seguito gli allevatori svilupparono lo standard moderno, una razza di cavalli con un’altezza media di circa 76 cm (30 in).