核酸を切断する酵素のこと。 リボヌクレアーゼはリボ核酸（RNA）のみに、デオキシリボヌクレアーゼはデオキシリボ核酸（DNA）のみに作用するもので、ヒドロラーゼという酵素のクラスに属し、通常特異的に作用する。 核酸が作用しやすいことから、一般的な作用を持つ酵素（リン酸エステルを加水分解するホスホエステラーゼなど）をヌクレアーゼと呼ぶこともある。
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核酸
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ヌクレアーゼは、DNAのホスホジエステル骨格を加水分解的に切断する酵素です。
制限酵素は、特定のサブユニットを認識したDNA分子のみを切断するヌクレアーゼである。 標的のDNA分子をランダムに分割するもの（I型）と、認識部位のみで分割するもの（II型）、認識部位から一定の距離で分割するもの（III型）があります。 II型とIII型の制限酵素は、DNA分子の塩基配列を解明するための強力なツールである。 遺伝子組換え技術（遺伝子工学）の分野でも、基本的な役割を担っている。