南米の馬の祖先は、スペイン人が西半球に持ち込んだアンダルシアやその他のイベリア系の血統の馬を祖先とするものである。 大陸南部では、地理的に隔絶された条件の中で相当数のこれらの馬が発展し、19世紀半ばには、アルゼンチンのブエノスアイレス州南部オラバリアのマプチェの群れの中に、小型で近親交配の動物が何頭も存在した。 ファラベラ馬はもともと、1868年にパトリック・ニュータールの繁殖計画に始まり、クリオロ系の現地馬からアルゼンチンで開発された馬である。 ニュータールが亡くなると、ニュータールの娘婿であるフアン・ファラベラに群れと繁殖方法が受け継がれた。 ジュアンは、ウェールズポニー、シェットランドポニー、小型のサラブレッドなどの血統を追加した。
1940年代に入ると、その子孫であるフリオ・C・ファラベラ（Julio C．
1940年代から、子孫のフリオ・C・ファラベラ（Establecimientos Falabella、現Asociación de Criadores de Caballos Falabella）が正式な品種登録機関を設立し、一貫した高さに達するように品種の標準化に取り組み、まず平均100cm（40in）未満を達成した後、平均76cm（30in）の馬体という現代の標準を作り上げました
。