4.1 Introduction
1926年にT・H・モーガンが伝達と発生遺伝学を概念的に分離したことにより、発生の詳細な理解がない状態でモダンシンセシスが可能になりました。 合成の目的からすると、遺伝子は表現型の生成に関与するものではなく、遺伝の乗り物としてのみ重要であった。 発生学は単に「ブラックボックス化」され、その後、ほとんど無視されるようになりました（Gilbert, 1978; Amundson, 2001）。 しかし、この30年の間に、進化生物学者と発生生物学者の間で、ブラックボックスを再び開くことが、両分野における重要な問題の解決に役立つかもしれないという認識が広まってきました。 現代の進化発生生物学（evo-devo）の中心的な問題は、進化の過程と結果を説明するために、発生がどのように役立つかということです。 もうひとつは、発生プロセスの機能、進化の起源、保存と変化の系統的パターンに関して、進化的視点がどのように発生プロセスの理解を深めることができるかということです。
進化のインシリコモデルの歴史にも類似点があり、伝達された（すなわち遺伝）情報と、次世代の表現型を特定するためのその情報の使用との間の組織化のレベルを無視することがよくあります。 もし、これらのレベルに橋をかける生成アルゴリズムが単に計算機能を果たすだけなら、それらは生物学的発生を大幅に単純化しすぎた形で表現していることになり、誤解を招く可能性がある。 生物界では、遺伝情報と環境情報を統合して表現型を生成する発生機能は高度に構造化されており、それ自体が進化している。 つまり、ブラックボックスの中身が重要なのだ。
進化における発生の一般的な重要性は広く認められています。Amundson（2001）が指摘するように、よく言われる「因果関係の完全性」の議論は、自明ではないものの、「主に改宗者に説教するのに役立つ」ものです。 より困難な問題は、開発が重要かどうかではなく、まさにどのように、そしてなぜ（そして究極的には、他の要因と比較してその重要性をどのように評価するか）である（Amundson, 2001）。 この章では、進化の過程をモデル化する上で特に重要と思われる発生の3つの側面、すなわちモジュール性、環境応答性、個体発生の能力（それらが生み出す表現型だけでなく）について説明します。 これは網羅的なリストではなく、これらの3つの特徴は、発生の構造が成体の表現型と個体自体の進化に広範囲な影響を与える可能性がある方法を例示しています。