寄生虫と細菌は人類と共進化し、常に無数の方法で相互作用している。 例えば、住血吸虫症時のサルモネラ菌感染のように、寄生虫に寄生された細菌が原因で起こる細菌感染症もある。 また、膀胱癌の発症におけるグラム陰性菌とSchistosoma haematobiumの相互作用のように、Wolbachia内共生菌とフィラリア線虫の相互作用のように、ヒト疾患の進化において寄生虫と相乗効果を発揮する細菌もいる。 また、寄生虫感染時の宿主の免疫抑制により、内臓リーシュマニア症やマラリアなどの寄生虫症に細菌二次感染が合併することがある。 また、寄生虫の病巣（例えば、ヒダチドシストや外部寄生虫の皮膚病巣など）に細菌が定着することもある。 寄生蠕虫や節足動物の中には、通常、特定の抗菌性物質を放出することによって抗菌活性を示すものがあることは驚くべきことである。 また、プロバイオティクス細菌を用いることで、寄生虫感染症に影響を与えることができる。 このように、寄生虫と細菌の相互作用には複雑なプロセスがあり、研究者の興味を引きつけて止まない。 しかし、このような相互作用を理解し、利用することで、両者の感染症に対する予防や治療の可能性が期待される。