線維筋痛症は家族内で発症することが知られており、この疾患の発症リスクには遺伝的要因が寄与していることが示唆されている。 しかし、線維筋痛症の遺伝的基盤について、確かなことはほとんど分かっていません。
線維筋痛症の徴候や症状は、脳が痛みの信号を認識し解釈する方法と関連しています。 線維筋痛症の人は、痛みに対する感受性が高く、与えられた刺激に対して、他の人よりも痛みをより鋭敏に感じます。 研究者はこの現象を、痛みの感覚の「音量」が大きくなりすぎている（痛みの増幅）、と表現しています。 線維筋痛症の遺伝学的研究では、脳が痛みを処理する方法に関与する遺伝子に焦点が当てられています。 たとえば、条件に影響を与える可能性があるいくつかの遺伝子は、神経伝達物質
と呼ばれる特定の化学伝達物質の生産と分解に関与しています。
非遺伝的（環境）要因もまた、線維筋痛症を発症する人のリスクにおいて重要な役割を演じます。
非遺伝的（環境的）要因も、線維筋痛症を発症するリスクに重要な役割を果たします。この障害は、慢性疼痛、けが、その他の物理的ストレスを引き起こさないような感染や病気によって引き起こされる可能性があります。 また、小児期の虐待や育児放棄、戦争やその他の災害への曝露、仕事や生活の満足度の低さなどの心理的・社会的要因も、線維筋痛症のリスク上昇に関連しています。 さらに、運動不足、肥満、睡眠障害もリスクを高めるようです。 しかし、この疾患を発症する人の多くは、認知された誘因や危険因子を有していません。 環境条件が遺伝的要因と相互作用して、この疾患を発症する全体的なリスクを決定していると思われます
。