この門の種は、ホヤと呼ばれる胞子の詰まった構造を形成して有性生殖を行う、つまりアメリカのフライアガリク（Amanita muscaria formosa）。 北米ではよく見られるが、南部の州ではより細長く、サーモンのような色をしており、やや珍しい。 写真提供：Robert J. Huffman. フィールドマーク出版。 文字通り “嚢 “である。 子嚢菌の菌糸は孔のある隔壁で分けられている、つまり隣接する細胞の間に孔のあいた壁があるのである。 無性生殖では、分生子と呼ばれる胞子を作り、分生子嚢と呼ばれる特殊な直立菌糸上に生まれる。
子嚢菌は、有性生殖の段階もある。
嚢菌にも有性生殖の段階があり、その第一段階として、適合する菌糸がいくつかの異なる方法のうちの一つによって融合する。 第二に、異なる菌糸の核が1つの細胞に移動し、2つのハプロイドの核を持つ細胞である二核子を形成する。 第3に、数回の細胞分裂を経て、1つの細胞に2つの異なるハプロイドを持つ細胞が複数できる。 第四に、この細胞の一つであるホヤ母細胞で、2つのハプロイド核の核融合が起こる。 第5に、ホヤ母細胞はホヤに成長する。 その後、2倍体細胞で減数分裂が起こり、種によっては4〜8個の倍数体ホヤがホヤの中で形成される。
この大きな真菌門には、人間にとって有益な種も多く含まれています。 例えば、酵母は子嚢菌の主要なグループである。 サッカロミセス属のさまざまな酵母は、パン屋、ビール屋、ワイン屋がパン、ビール、ワインを作るために採用しています。 トリュフは、木の根に付着して成長する地中性の子嚢菌である。
他の子嚢菌のなかには、植物の病原菌として重要なものもあります。 例えば、Endothia parasitica は、栗枯病を引き起こす子嚢菌で、成木のアメリカ栗を事実上絶滅させた病気である。 また、Ceratocystis ulmiは、アメリカニレ科の樹木を苦しめるオランダニレ病を引き起こす病原性子嚢菌である。
もうひとつのよく知られた子嚢菌は、赤パン種の Neurospora crassa である。
もう1つのよく知られた子嚢菌は、赤パン種 Neurospora crassa です。この菌の8つの胞子が有性生殖時に整列する方法によって、遺伝学者はその染色体上の遺伝子の地図を作成することができます。 今世紀初め、生物学者はノイロスをモデル生物として、遺伝と遺伝の基本原理のいくつかを研究した。 さらに最近、生物学者はこの種の菌糸が一定の環境下で約24時間間隔で胞子を生産すること（サーカディアンリズム）を明らかにした。 現在、多くの生物学者が、ヒトを含むさまざまな生物に見られる概日リズムを調べるためのモデル生物として、ノイロスポラ・クラッサを使用しています。