改心と宣教
バニヤンのピューリタニズムへの改心は、結婚後（1650-55）徐々に進行し、それは彼の自伝に劇的に描写されています。 最初は教会に定期的に通い、英国国教会に順応していたが、徐々に、そして不本意ながら、大好きなダンスや鐘つき、村の緑地でのスポーツをやめ、自分の内面に集中するようになった。 そして、精神的な絶望への苦渋に満ちた誘惑が数年にわたり続いた。 誘惑の嵐は、彼が言うように、ほとんど肉体的な暴力で彼を襲い、声は彼を冒涜するように促し、彼には天罰を脅かすように見えた聖書のテキストは、個人的な形を取り、「彼をとても痛くつつんだ」。 ある朝、彼はついに、自分がサタンの声に屈服し、キリストを裏切ったのだと信じた。 “私は木から落ちた鳥のように倒れた” 彼の精神病の孤立は、20世紀に分析された不適応者の心の分裂の特徴をすべて示している。 この神学では、選択と宿命という厳しい教義を、魂の真の必要性、魂の霊的進歩の証拠、神の恵みの契約という観点から解釈していたのである。 現代の分析家の手法とピューリタンの説教師の手法は、どちらも自己の完全性を回復することを目的としている。そしてこれは、バニヤンが精神の暗闇の時期から抜け出し、自分の罪が「死に至るものではない」こと、そして恐怖と同時に慰めとなるテキストがあることを徐々に感じ始めたときに達成したものだった。 彼は、ベッドフォード分離派教会とそのダイナミックな指導者ジョン・ギフォードとの関わりによって、回復の助けとなった。
ベッドフォードの共同体は浸礼による成人の洗礼を実践していたが、「キリストへの信仰と生活の神聖さ」を公言するすべての人を認める開かれた教会であった。 バニヤンはすぐに信徒伝道者としての才能を証明した。 彼は、自身の精神的な悩みから、他の人に警告を与え、慰めるのに適していた。 “私は鎖につながれて説教をしに行き、自分の良心の火を持ち、彼らに気をつけるように説得した” しかし、1655年から60年にかけての彼の主な活動は、初期のクエーカー教徒との論争であり、ベッドフォードシャーの市場町での公開討論や、彼の最初の印刷物『Some Gospel Truths Opened』（1656）と『A Vindication of Some Gospel Truths Opened』（1657）の中で行われていた。 クエーカーと公会バプテストは、町や田舎の「機械工」と呼ばれる小商人や職人たちの宗教的忠誠をめぐってライバル関係にあった。
チャールズ2世の復古により、分離教会は礼拝の自由を享受し、政府の政策にある程度の影響力を行使していた20年間が終わりを告げました。 1660年11月12日、サウス・ベッドフォードシャーのローワー・サムセルで、バニヤンは地元奉行の前に引き出され、古いエリザベス朝時代の法律に基づいて、英国国教会のものと一致しない礼拝を行った罪で起訴された。 彼は、このような犯罪を繰り返さないという確約を拒否し、1661年1月の審問で断罪され、郡の刑務所に収監された。 2番目の妻（彼は1659年に再婚していた）の勇気ある働きかけにもかかわらず、彼は12年間も牢獄に入れられたままだった。 17世紀末に出版された『Grace Abounding』の伝記によると、彼は「long Tagg’d laces」を作って売ることで、家族を養っていたという。