XLAの最も一般的な治療法は、免疫グロブリン（IVIg、ヒトIgG抗体）を毎週、生涯にわたって点滴で投与することです。 IVIgは、何千もの献血から抽出され、プールされたヒト産物です。 IVIgはXLAを治癒させるものではありませんが、受動免疫の生成と免疫系の増強により、患者さんの寿命とQOL（生活の質）を向上させることができます。 治療により、感染症の回数や重症度は減少します。 IVIgの使用により、XLA患者は比較的健康な生活を送ることができます。 IgG血中濃度が800mg/kgを超える状態を目指します。
IVIgが普及する以前は免疫グロブリンの筋肉注射（IMIg）が一般的でしたが、効果が低く、痛みも強いため、現在ではIMIgは一般的ではありません。 皮下投与（SCIg）は最近、米国食品医薬品局（FDA）によって承認されましたが、これはIVIg治療に対する重度の副作用の場合に推奨されます。
抗生物質は、もうひとつの一般的な補助治療法です。 長期的な治療には、できれば全身治療（錠剤）よりも局所的な抗生物質治療（点滴、ローション）が望ましいとされています。 XLA治療の将来的な展望として、XLAを治癒させる可能性のある遺伝子治療があります。 遺伝子治療技術はまだ発展途上であり、癌などの重篤な合併症を引き起こし、死に至る可能性もある。
その他の注意事項
XLA患者がポリオや麻疹、おたふく、風疹（MMRワクチン）などの弱毒性生ワクチンを接種することは推奨されず、危険でもありません。 特に、XLA患者にポリオを引き起こすと報告されている経口弱毒生ポリオワクチン（SABINタイプ）を避けることが重要である。 さらに、XLA患者は免疫記憶を維持する正常な能力がないため、一般的な活性ワクチンがXLA患者に有益な効果をもたらすかどうかは不明です。
XLA患者はエンテロウイルス科のウイルスに特にかかりやすく、主にポリオウイルス、コクサッキーウイルス（手足口病）、エコーウイルスにかかりやすいとされています。 これらは、慢性脳炎、髄膜炎、死亡などの重篤な中枢神経系疾患を引き起こす可能性がある。 実験的な抗ウイルス剤であるプレコナリルは、ピコルナウイルスに有効である。 しかし、XLA患者はエプスタイン・バーウイルス（EBV）には免疫があるようだ。ウイルス感染に必要な成熟B細胞（つまりHLA共受容体）を持たないからだ。
機能的な IgE 抗体がないため、XLA 患者がアレルギー反応を引き起こすことができるかどうかは不明です。 ペットや屋外での活動において、XLA患者にとって特別な危険はありません。
アガンマグロブリン血症（XLA）は、原発性免疫不全症である低ガンマグロブリン血症（CVID）と似ており、臨床状態や治療法はほぼ同じです。 しかし、XLAが先天性の疾患で遺伝的な原因がわかっているのに対し、CVIDは成人になってから発症することがあり、その原因もまだ解明されていません。 X連鎖性アガマグロブリン血症に加えて、IGHM、IGLL1、CD79A/B、BLNKの変異や末端14q32の欠失など、常染色体劣性遺伝のアガマグロブリン血症遺伝子変異がいくつか報告されている。
XLAはまた、歴史的に重症複合型免疫不全症（SCID）と間違われ、より重度の免疫不全である（「バブルボーイ」）。XLAの研究には、実験用マウスの系統、XIDが用いられる。 これらのマウスはマウスのBtk遺伝子に変異があり、XLAと同様な、しかしより軽度な免疫不全を示します
。