Een unieke groep eubacteria die het vermelden waard is, zijn de mycoplasma’s. Zij worden op grond van hun verwantschap met andere Gram-positieven ingedeeld als Gram-positief, maar omdat mycoplasma’s geen celwand hebben, zijn zij functioneel Gram-negatief. Mycoplasma’s zijn zowel de kleinste eubacteriën als de kleinste organismen die zich zelfstandig kunnen voortplanten. Mycoplasma’s hebben een uiterst eenvoudige celstructuur, een klein genoom, en zijn daarom van bijzonder evolutionair belang.
Zoals wij zojuist zagen, zijn eubacteria uiterst divers en gespecialiseerd in hun omgeving. Verrassend genoeg is de structuur van de meeste eubacteriële cellen betrekkelijk eenvoudig.
In plaats van de complexe chromosomen bestaande uit eiwit en DNA die bij planten en dieren worden aangetroffen, hebben eubacteria prokaryotische chromosomen, die kleiner zijn en minder bijbehorende eiwitten hebben. Eubacteriën hebben ook cirkelvormige DNA-moleculen, plasmiden genaamd. Prokaryote chromosomen en plasmiden zijn niet ondergebracht in een gecentraliseerde kern omdat eubacteria, als prokaryoten, geen kernmembraan hebben. In plaats daarvan worden plasmiden gewoonlijk aangetroffen in relatief heldere gebieden in het cytoplasma die nucleoïden worden genoemd. De rest van het cytoplasma is gevuld met ribosomen, de machinerie voor de eiwitsynthese van de cel. Hoewel eubacteriën niet de georganiseerde organellen hebben die ineukaryote cellen wel hebben, hebben veel eubacteriën gespecialiseerde interne membranen. Cyanobacteriën hebben bijvoorbeeld membranen die chlorofyl en andere chemicaliën bevatten die nodig zijn voor de fotosynthese.
Veel eubacteriën hebben celwanden die buiten hun plasmamembranen liggen. Deze zijn vergelijkbaar met de celwanden van planten en schimmels, maar bestaan uit peptidoglycaan in plaats van cellulose of chitine. Bij sommige eubacteriën wordt deze celwand bedekt door een andere laag, het buitenmembraan. Veel eubacteriën hebben nog een andere omhulsellaag, het kapsel. Deze bestaat voornamelijk uit complexe suikers en dient om de cel te beschermen tegen omgevingsgevaren, zoals een aanval van het immuunsysteem van de gastheer of uitdroging.
Motiliteit
Veel eubacteriën zijn beweeglijk. In de meeste gevallen kunnen ze zich voortbewegen dankzij roterende structuren die flagellen worden genoemd. De term flagella wordt ook gebruikt om te verwijzen naar soortgelijke beweeglijke structuren in protisten en andere eukaryote cellen, maar de twee zijn niet hetzelfde en moeten niet worden verward. Prokaryote flagella zijn samengesteld uit proteïnesubeenheden die flagelline worden genoemd, terwijl eukaryote flagella bestaan uit arrays van microtubuli, gemaakt van tubuline. Prokaryote flagella zijn verankerd in het plasmamembraan en bewegen in een spiraalvormige beweging. Eukaryote flagella zijn omsloten door het plasmamembraan en kunnen alleen bewegen door heen en weer te slaan. Uitzonderingen op deze structuur van prokaryote flagella worden gevonden in sommige soorten spirocheten, waarvan de flagella lijken op die van eukaryoten. Aangenomen wordt dat eukaryoten flagellen hebben ontwikkeld door symbiotische relaties met deze spirocheten.
Vorm
Eubacteriën worden vaak ingedeeld naar hun vorm. Ze kunnen in drie hoofdcategorieën worden ingedeeld. Bolvormige eubacteriën worden cocci genoemd; staafvormige eubacteriën staan bekend als bacillen; spiraalvormige of spiraalvormige eubacteriën zijn spirilla.
In tegenstelling tot eukaryote cellen, die zich delen door transmissie of meiose, planten eubacteriën zich voort door binaire deling. In dit proces wordt het genetisch materiaal gerepliceerd, en de twee kopieën worden naar afzonderlijke nucleoïdegebieden verplaatst. Vervolgens wordt het plasmamembraan naar binnen gedrukt, waardoor twee gelijke dochtercellen ontstaan. Hoewel deze dochtercellen volledig onafhankelijk van elkaar zijn, blijven zij bij sommige soorten bij elkaar en vormen kolonies en filamenten. Binaire splijting kan zeer snel plaatsvinden, ongeveer één splijting per 20 minuten, wat de verbazingwekkende replicatieve capaciteit van eubacteriën verklaart.