Unikalną grupą eubakterii, o której należy wspomnieć, są mykoplazmy. Sklasyfikowane jako Gram-dodatnie na podstawie ich pokrewieństwa z innymi Gram-dodatnimi, ponieważ mykoplazmy nie posiadają ściany komórkowej, są funkcjonalnie Gram-ujemne. Mykoplazmy są zarówno najmniejszymi eubakteriami, jak i najmniejszymi organizmami zdolnymi do samodzielnego rozmnażania. Są niewiele większe od niektórych wirusów.Mykoplazmy mają niezwykle prostą strukturę komórkową, mały genom i dlatego są przedmiotem szczególnego zainteresowania ewolucyjnego.
Jak już widzieliśmy, eubakterie są niezwykle zróżnicowane i wyspecjalizowane do swoich środowisk. Zaskakująco, struktura większości komórek eubakterii jest stosunkowo prosta.
Zamiast złożonych chromosomów składających się z białka i DNA występujących u roślin i zwierząt, eubakterie mają chromosomy prokariotyczne, które są mniejsze i mają mniej białek towarzyszących. Eubakterie mają również koliste cząsteczki DNA zwane plazmidami. Prokariotyczne chromosomy i plazmidy nie są umieszczone w scentralizowanym jądrze, ponieważ eubakterie, podobnie jak prokariota, nie posiadają błony jądrowej. Zamiast tego plazmidy znajdują się zwykle w stosunkowo jasnych obszarach cytoplazmy zwanych nukleoidami. Pozostała część cytoplazmy wypełniona jest rybosomami, mechanizmami syntezy białek w komórce. Podczas gdy eubakterie nie posiadają zorganizowanych organelli występujących w komórkach ineukariotycznych, wiele eubakterii posiada wyspecjalizowane błony wewnętrzne. Na przykład sinice mają błony, które zawierają chlorofil i inne substancje chemiczne potrzebne do przeprowadzania fotosyntezy.
Wiele eubakterii ma ściany komórkowe, które leżą poza ich błonami plazmatycznymi. Są one podobne do ścian komórkowych występujących u roślin i grzybów, ale składają się raczej z peptydoglikanu niż z celulozy czy chityny. U niektórych eubakterii ta ściana komórkowa jest pokryta inną warstwą, zwaną błoną zewnętrzną. Wiele eubakterii posiada jeszcze jedną warstwę powłoki zwaną kapsułą. Składa się ona głównie z cukrów złożonych i służy do ochrony komórki przed zagrożeniami środowiskowymi, takimi jak atak obrony immunologicznej gospodarza lub odwodnienie.
Ruchliwość
Wiele eubakterii jest ruchliwych. W większości przypadków, obracające się struktury zwane flagellami umożliwiają im poruszanie się. Termin flagella jest również używany w odniesieniu do podobnych struktur ruchowych u protistów i innych komórek eukariotycznych, ale te dwie nie są takie same i nie powinny być mylone. Flagi prokariotyczne składają się z podjednostek białkowych zwanych flagellinami, podczas gdy flagi eukariotyczne zbudowane są z układów mikrotubul zbudowanych z tubuliny. Flagi prokariotyczne są zakotwiczone w błonie plazmatycznej i poruszają się ruchem spiralnym. Flagi eukariotyczne są zamknięte przez błonę plazmatyczną i mogą poruszać się tylko bijąc tam i z powrotem. Wyjątkiem od tej struktury są niektóre gatunki spirochetów, których flagi przypominają te u eukariotów. Uważa się, że eukarionty mogły rozwinąć flagelle poprzez symbiotyczne relacje z tymi spirochetami.
Kształt
Eubakterie są często klasyfikowane na podstawie ich kształtu. Dzielą się one na trzy główne kategorie kształtu. Kuliste eubakterie są nazywane cocci; eubakterie w kształcie pręcików są znane jako bacilli; spiralne lub spiralnie ukształtowane eubakterie są spirilla.
W przeciwieństwie do komórek eukariotycznych, które dzielą się przez mitozę lub mejozę, eubakterie rozmnażają się przez rozszczepienie binarne. W tym procesie replikowany jest materiał genetyczny, a dwie kopie przenoszone są do oddzielnych regionów nukleoidu. Następnie błona plazmatyczna zagina się do wewnątrz, tworząc dwie równe komórki córki. Podczas gdy te komórki potomne są całkowicie niezależne od siebie, u niektórych gatunków pozostają one razem, tworząc kolonie i filamenty. Rozszczepienie binarne może zachodzić bardzo szybko, rzędu jednego rozszczepienia co 20 minut, co odpowiada za zadziwiającą zdolność replikacyjną eubakterii.