După moartea lui Tegh Bahadur, Guru Gobind Singh (1666-1708), cel mai important dintre toți Guru, cu excepția lui Guru Nanak, a preluat conducerea Sikhilor. Gobind Rai, al cărui nume a fost schimbat în Gobind Singh probabil în momentul creării Khalsa, s-a născut la Patna, fiind singurul copil al lui Guru Tegh Bahadur. La vârsta de cinci ani a fost adus la Anandpur și educat în sanscrită și persană și în artele poeziei și ale războiului. Execuția tatălui său la Delhi de către Aurangzeb trebuie să fi lăsat o impresie profundă asupra copilului. Timp de câțiva ani după succesiunea sa ca Guru, și-a continuat educația în Dealurile Shiwalik. A ajuns la maturitate ca conducător al unui mic stat Shiwalik, participând la diferite războaie împotriva altor căpetenii Shiwalik și demonstrând o plăcere deosebită pentru sportul vânătorii.
Potrivit tradiției sikh, în ziua de Baisakhi (Anul Nou indian), la sfârșitul secolului al XVII-lea (anul exact este incert, deși probabil că a fost 1699), a fost organizat un târg la Anandpur, iar toți sikhii au primit ordin să participe. Guru a rămas ascuns până când sărbătorile au ajuns la apogeu, când a apărut brusc dintr-un cort, purtând o sabie scoasă și cerând capul unuia dintre discipolii săi loiali. Imediat, mulțimea a devenit tăcută, întrebându-se ce s-a întâmplat. Guru a repetat comanda, iar în cele din urmă Daya Singh s-a oferit voluntar și a fost dus în spatele unui paravan pentru a fi executat. Gobind Singh a reapărut apoi, cu sabia sa picurând sânge, și a cerut o a doua victimă. Și el a fost escortat în spatele paravanului și, din nou, s-a auzit sunetul sabiei. În acest fel, cinci sikhs loiali au fost de acord să moară pentru stăpânul lor. După ce, aparent, l-a lichidat pe cel de-al cincilea, paravanul a fost îndepărtat și toți cei cinci au fost văzuți ca fiind în viață. La picioarele lor se aflau cinci capre măcelărite. Cei cinci voluntari au devenit Panj Piare, cei „Cinci prețuiți”, care dovediseră că loialitatea lor era de necontestat.
Guru Gobind Singh a explicat că dorea ca Panj Piare să fie începutul unui nou ordin, Khalsa („cei Puri”, de la persanul khalisah, care înseamnă, de asemenea, „pur”). Masanii (dintre care mulți deveniseră certăreți sau corupți) vor fi eliminați, iar toți sikhii, prin inițierea lor în Khalsa, îi vor datora loialitate direct guru-ului. Gobind Singh a început apoi amrit sanskar („ceremonia nectarului”), serviciul de inițiere pentru Panj Piare. Când ritualul a fost încheiat, Guru însuși a fost inițiat de Panj Piare. Ordinul a fost apoi deschis tuturor celor care doreau să se alăture, iar tradiția sikh relatează că mulțimi uriașe au răspuns.
Ar trebui remarcat faptul că, contrar credinței multor sikhs, unele caracteristici centrale ale actualului Khalsa nu existau în timpul lui Gobind Singh. De exemplu, deși guru a cerut ca cei inițiați în Khalsa să poarte arme și să nu se tundă niciodată (pentru ca cel puțin bărbații să nu-și poată nega niciodată identitatea de sikh Khalsa), purtarea celor „Cinci K”-kes sau kesh (părul netăiat), kangha (pieptene), kachha (pantaloni scurți), kara (brățară de oțel) și kirpan (sabie ceremonială) – nu a devenit o obligație pentru toți sikhii până la înființarea Singh Sabha, o mișcare de reformă religioasă și educațională de la sfârșitul secolului al XIX-lea și începutul secolului al XX-lea. Ceremonia de nuntă sikh, în care mirele și mireasa se plimbă în jurul Guru Granth Sahib, este, de asemenea, o evoluție modernă, după ce a înlocuit ritualul în esență hindus, în care mirele și mireasa se plimbau în jurul unui foc sacru, prin legea Anand Marriage Act din 1909. Numele Singh („Leu”) pentru bărbații sikh și Kaur („Prințesă”) pentru femeile sikh, adoptate anterior la inițierea în Khalsa, sunt acum acordate tuturor sikhilor în cadrul unei ceremonii de naștere și de botez (a se vedea mai jos Ritualuri și festivaluri). Toate aceste schimbări au fost încorporate în Rahit, codul Sikh de credință și conduită, care a ajuns aproape la forma sa finală la începutul secolului XX.
Guru Gobind Singh credea că forțele binelui și ale răului din lume se dezechilibrează uneori. Atunci când forțele răului devin prea mari, Akal Purakh intervine în istoria omenirii pentru a corecta echilibrul, folosind anumiți indivizi umani ca agenți ai săi. În timpul lui Gobind Singh, forțele răului, reprezentate de Mogulii sub conducerea lui Aurangzeb, câștigaseră întâietate, iar Gobind Singh credea că are sarcina de a corecta echilibrul. În slujba acestei misiuni, sikhii erau îndreptățiți să scoată sabia. El și-a exprimat această convingere în Zafar-nama („Epistola victoriei”), o scrisoare pe care a adresat-o la sfârșitul vieții lui Augangzeb.
La scurt timp după crearea Khalsa, Guru a fost atacat de alte căpetenii shiwalik în alianță cu guvernatorul mogul din orașul Sirhind. În 1704 a fost nevoit să se retragă din Anandpur, pierzând doi dintre cei patru fii ai săi în bătălia care a urmat. Cei doi fii rămași au fost luați prizonieri și au fost predați guvernatorului din Sirhind, care i-a executat cu cruzime prin zidire de vii. Soarta acestor doi copii a rămas de atunci o poveste chinuitoare pentru sikhs.
De la Anandpur, Gobind Singh a fugit în sudul Punjabului, unde a provocat o înfrângere urmăritorilor săi la Muktsar. Apoi s-a mutat la Damdama, rămânând acolo până în 1706 și, potrivit tradiției, ocupându-se cu revizuirea finală a Adi Granth. Când Aurangzeb a murit în 1707, Gobind Singh a fost de acord să îl însoțească pe succesorul lui Aurangzeb, Bahādur Shāh, în sudul Indiei. Ajungând la Nanded, pe malul râului Godavari, în 1708, a fost asasinat de agenți ai guvernatorului din Sirhind.
Guru Gobind Singh este fără îndoială frumosul ideal al sikhilor. Ilustrații cu el și cu Guru Nanak se găsesc în mod obișnuit în casele sikhilor. El este considerat exemplul suprem a tot ceea ce ar trebui să fie un sikh din Khalsa (un Gursikh). Curajul său este admirat, noblețea sa este apreciată, iar bunătatea sa este profund venerată. Datoria fiecărui membru Khalsa, prin urmare, este de a-i urma calea și de a face fapte care să fie demne de el.