Multe dintre metodele de vizualizare și interpretare a datelor de expresie genică pot fi utilizate atât pentru experimentele de microarray, cât și pentru cele de RNA-seq. Unele dintre cele mai comune metode sunt discutate mai jos.
Heatmaps and clustering
O metodă obișnuită de vizualizare a datelor de expresie genetică este afișarea acestora sub forma unei hărți termice (figura 12). Harta termică poate fi, de asemenea, combinată cu metode de clusterizare care grupează genele și/sau eșantioanele pe baza similitudinii modelului lor de expresie genetică. Acest lucru poate fi util pentru identificarea genelor care sunt reglementate în mod obișnuit sau a semnăturilor biologice asociate cu o anumită afecțiune (de exemplu, o boală sau o condiție de mediu) (4).
În hărțile termice, datele sunt afișate într-o grilă în care fiecare rând reprezintă o genă și fiecare coloană reprezintă o probă. Culoarea și intensitatea căsuțelor sunt folosite pentru a reprezenta schimbările (nu valorile absolute) ale expresiei genice. În exemplul de mai jos, culoarea roșie reprezintă genele reglate în sus, iar albastrul reprezintă genele reglate în jos. Negrul reprezintă expresia neschimbată.
Analiza de îmbogățire a setului de gene și analiza căilor de acces
O abordare comună pentru interpretarea datelor de expresie genetică este analiza de îmbogățire a setului de gene bazată pe adnotarea funcțională a genelor exprimate diferențiat (figura 13). Aceasta este utilă pentru a afla dacă genele exprimate diferențiat sunt asociate cu un anumit proces biologic sau cu o anumită funcție moleculară.
În acest scop, se utilizează în mod obișnuit Gene Ontology, care conține o adnotare standardizată a produselor genice. Aceasta funcționează prin compararea frecvenței adnotărilor individuale din lista de gene (de exemplu, genele exprimate diferențiat) cu o listă de referință (de obicei, toate genele de pe microarray sau din genom). Îmbogățirea căilor biologice furnizate de KEGG, Ingenuity, Reactome sau WikiPathways poate fi realizată într-un mod similar (12,13).
Instrumentele populare pentru îmbogățirea setului de gene și analiza căilor de acces includ:
- DAVID (instrument online gratuit)
- GSEA (gratuit)
- Ingenuity (necesită licență)
- Reactome (gratuit)
Analiza rețelelor
Analiza rețelelor este complementară analizei căilor de acces și poate fi utilizată pentru a arăta modul în care interacționează componentele cheie ale diferitelor căi de acces. Acest lucru poate fi util pentru identificarea evenimentelor de reglementare care influențează mai multe procese și căi biologice (12,13).
.