Conversie și slujire
Conversia lui Bunyan la puritanism a fost un proces gradual în anii care au urmat căsătoriei sale (1650-55); este descrisă în mod dramatic în autobiografia sa. După o perioadă inițială de conformism anglican, în care mergea cu regularitate la biserică, a renunțat, încet și cu părere de rău, la recreațiile sale preferate, cum ar fi dansul, sunetul clopotelor și sporturile pe pajiștea satului, și a început să se concentreze asupra vieții sale interioare. Au urmat tentații chinuitoare de disperare spirituală care au durat mai mulți ani. „Furtunile” ispitei, așa cum le numește el, îl loveau cu o violență aproape fizică; voci îl îndemnau să blasfemieze; textele din Scriptură, care i se părea că îl amenință cu damnarea, luau o formă personală și „îl ciupeau foarte tare”. În cele din urmă, într-o dimineață, a crezut că s-a predat acestor voci ale lui Satana și că l-a trădat pe Hristos: „Am căzut ca o pasăre împușcată din copac”. În izolarea sa psihopatică, el prezintă toate trăsăturile minții divizate a neadaptatului, așa cum au fost ele analizate în secolul XX. Cu toate acestea, Bunyan avea un instrument psihologic contemporan pentru diagnosticarea stării sale: teologia pastorală a calvinismului din secolul al XVII-lea, care a interpretat doctrina sumbră a alegerii și predestinării în termenii nevoilor reale ale sufletelor, a dovezilor de progres spiritual în ele și a legământului harului lui Dumnezeu. Ambele tehnici, cea a analistului modern și cea a predicatorului puritan, au în comun scopul de a recupera integritatea sinelui; și acest lucru a fost ceea ce Bunyan a realizat pe măsură ce a ieșit, din perioada sa de întuneric spiritual, începând treptat să simtă că păcatul său nu era „spre moarte” și că existau texte care să mângâie, dar și să îngrozească. A fost ajutat în recuperarea sa de asocierea sa cu Biserica Separatistă din Bedford și cu liderul ei dinamic, John Gifford. El a intrat în comuniune deplină în jurul anului 1655.
Comunitatea din Bedford practica botezul adulților prin scufundare, dar era o biserică de comuniune deschisă, admițându-i pe toți cei care mărturiseau „credința în Hristos și sfințenia vieții”. Bunyan și-a dovedit curând talentul de predicator laic. Proaspăt ieșit din propriile sale probleme spirituale, el era potrivit pentru a-i avertiza și consola pe alții: „M-am dus eu însumi în lanțuri pentru a le predica celor în lanțuri, și am purtat în propria mea conștiință acel foc de care i-am convins să se ferească”. El a fost, de asemenea, activ în vizitarea și îndemnarea membrilor bisericii, dar principala sa activitate în 1655-60 a fost în controversa cu primii quakeri, atât în dezbaterile publice în sus și în josul orașelor de piață din Bedfordshire, cât și în primele sale lucrări tipărite, Some Gospel Truths Opened (1656) și A Vindication of Some Gospel Truths Opened (1657). Quakerii și baptiștii cu comuniune deschisă erau rivali pentru loialitatea religioasă a „mecanicilor”, sau a micilor comercianți și artizani, atât la oraș, cât și la țară. Bunyan a devenit curând recunoscut ca un lider printre sectanți.
Restaurarea lui Carol al II-lea a pus capăt celor 20 de ani în care bisericile separate s-au bucurat de libertate de cult și au exercitat o anumită influență asupra politicii guvernamentale. La 12 noiembrie 1660, la Lower Samsell, în South Bedfordshire, Bunyan a fost adus în fața unui magistrat local și, în conformitate cu o veche lege elisabetană, a fost acuzat că a ținut o slujbă care nu era în conformitate cu cele ale Bisericii Anglicane. El a refuzat să dea asigurări că nu va mai repeta infracțiunea, a fost condamnat la asize în ianuarie 1661 și a fost întemnițat în închisoarea comitatului. În ciuda eforturilor curajoase ale celei de-a doua sale soții (se recăsătorise în 1659) de a i se prezenta cazul la assizes, a rămas în închisoare timp de 12 ani. O biografie de la sfârșitul secolului al XVII-lea, adăugată la primele ediții ale cărții Grace Abounding, arată că și-a ușurat familia făcând și vânzând „long Tagg’d laces”; condițiile din închisoare au fost suficient de blânde pentru ca el să fie lăsat să iasă uneori pentru a-și vizita prietenii și familia și pentru a se adresa la întâlniri.