En unik grupp av eubakterier som bör nämnas är mykoplasmanterna. De klassificeras som grampositiva på grund av sin släktskap med andra grampositiva, men eftersom mykoplasma saknar cellvägg är de funktionellt sett gramnegativa. Mykoplasmer är både de minsta eubakterierna och de minsta organismerna som kan föröka sig självständigt. De är knappt större än vissa virus. mykoplasmas har en extremt enkel cellstruktur, ett litet genom och är därför av särskilt evolutionärt intresse.
Som vi just såg är eubakterier extremt olika och specialiserade på sina miljöer. Överraskande nog är strukturen hos de flesta eubakteriella celler relativt enkel.
Istället för de komplexa kromosomer som består av protein och DNA och som finns hos växter och djur har eubakterier prokaryotiska kromosomer, som är mindre och har färre associerade proteiner. Eubakterier har också cirkulära DNA-molekyler som kallas plasmider. Prokaryota kromosomer och plasmider är inte inhysta i en centraliserad kärna eftersom eubakterier, i likhet med prokaryoter, saknar kärnmembran. Istället finns plasmiderna vanligtvis i relativt tydliga områden i cytoplasman som kallas nukleoider. Resten av cytoplasman är fylld med ribosomer, cellens proteinsyntesmaskineri. Även om eubakterier saknar de organiserade organeller som finns i ineukaryota celler har många eubakterier specialiserade inre membran. Cyanobakterier har till exempel membran som innehåller klorofyll och andra kemikalier som krävs för att utföra fotosyntesen.
Många eubakterier har cellväggar som ligger utanför deras plasmamembran. Dessa liknar de cellväggar som finns i växter och svampar, men består av peptidoglykan i stället för cellulosa eller kitin. Hos vissa eubakterier är denna cellvägg täckt av ett annat lager som kallas det yttre membranet. Många eubakterier har ännu ett lager som kallas kapsel. Det består mestadels av komplexa sockerarter och tjänar till att skydda cellen mot faror i miljön, till exempel angrepp från värdets immunförsvar eller uttorkning.
Motilitet
Många eubakterier är rörliga. I de flesta fall är det roterande strukturer som kallas flageller som gör det möjligt för dem att röra sig. Termen flagella används också för att hänvisa till liknande motilitetsstrukturer hos protister och andra eukaryota celler, men de två är inte samma sak och bör inte förväxlas. Prokaryotiska flageller består av proteinunderenheter som kallas flagellin, medan eukaryotiska flageller består av matriser av mikrotubuli som är gjorda av tubulin. Prokaryotiska flageller är förankrade i plasmamembranet och rör sig i en spiralformad rörelse. Eukaryotiska flageller är omslutna av plasmamembranet och kan bara röra sig genom att slå fram och tillbaka. Undantag från denna struktur hos prokaryotiska flageller finns hos vissa arter av spiroketer, vars flageller liknar eukaryoternas. Man tror att eukaryoter kan ha utvecklat flageller genom symbiotiska relationer med dessa spiroketer.
Form
Eubakterier klassificeras ofta efter sin form. De kan delas in i tre huvudsakliga formkategorier. Sfäriska eubakterier kallas cocci; stavformade eubakterier kallas baciller; spiral- eller spiralformade eubakterier är spiriller.
Till skillnad från eukaryota celler, som delar sig genommitos ellermeios, förökar sig eubakterier genombinärfission. I denna process replikeras det genetiska materialet och de två kopiorna flyttas till separata nukleoidregioner. Därefter viker sig plasmamembranet inåt och ger upphov till två lika stora dotterceller. Dessa dotterceller är helt oberoende av varandra, men hos vissa arter förblir de tillsammans och bildar kolonier och filament. Binär klyvning kan ske mycket snabbt, i storleksordningen ungefär en klyvning var 20:e minut, vilket förklarar eubakteriernas fantastiska replikeringsförmåga.