Mnoho metod vizualizace a interpretace dat genové exprese lze použít jak pro experimenty s microarray, tak pro RNA-seq. Některé z nejběžnějších metod jsou popsány níže.
Heatmapy a shlukování
Běžnou metodou vizualizace dat genové exprese je jejich zobrazení ve formě heatmapy (obrázek 12). Heatmapu lze také kombinovat s metodami shlukování, které seskupují geny a/nebo vzorky na základě podobnosti jejich vzorce genové exprese. To může být užitečné pro identifikaci genů, které jsou společně regulovány, nebo biologických znaků spojených s určitým stavem (např. nemocí nebo podmínkami prostředí) (4).
V tepelných mapách jsou data zobrazena v mřížce, kde každý řádek představuje gen a každý sloupec vzorek. Barva a intenzita políček se používá k vyjádření změn (nikoli absolutních hodnot) genové exprese. V níže uvedeném příkladu červená barva představuje geny se zvýšenou regulací a modrá geny se sníženou regulací. Černá barva představuje nezměněnou expresi.
Analýza obohacení genových souborů a analýza drah
Obvyklým přístupem k interpretaci dat genové exprese je analýza obohacení genových souborů založená na funkční anotaci rozdílně exprimovaných genů (obr. 13). To je užitečné pro zjištění, zda jsou diferenciálně exprimované geny spojeny s určitým biologickým procesem nebo molekulární funkcí.
K tomuto účelu se běžně používá genová ontologie, která obsahuje standardizovanou anotaci genových produktů. Funguje tak, že porovnává četnost jednotlivých anotací v seznamu genů (např. diferenciálně exprimovaných genů) s referenčním seznamem (obvykle všechny geny na mikročipu nebo v genomu). Podobným způsobem lze provést obohacení biologických drah dodaných KEGG, Ingenuity, Reactome nebo WikiPathways (12,13).
Mezi oblíbené nástroje pro obohacování genových sad a analýzu drah patří např:
- DAVID (bezplatný online nástroj)
- GSEA (zdarma)
- Ingenuity (nutná licence)
- Reactome (zdarma)
Síťová analýza
Síťová analýza je doplňkem analýzy drah a lze ji použít k zobrazení interakce klíčových složek různých drah. To může být užitečné pro identifikaci regulačních událostí, které ovlivňují více biologických procesů a drah (12,13).