Wilson prohlásil, že „pokud chce někdo rychle a snadno zjistit, co mi dělá dobře“, měl by si přečíst tři jeho knihy: Reformovat manželství, Andělé v architektuře a Radost na konci řetězu. Wilson řekl, že „kdyby si někdo přečetl tyto tři knihy, docela dobře by pochopil, co považuji za důležité.“
Wilson je vydavatelem a přispěvatelem reformovaného kulturního a teologického časopisu Credenda/Agenda a v minulosti přispíval do časopisu Tabletalk, který vydává Ligonier Ministries R. C. Sproula. Vydal řadu knih o kultuře a teologii, několik knih pro děti a sbírku poezie.
O vzděláváníEdit
Wilson je významným zastáncem klasického křesťanského vzdělávání a svou vizi vzdělávání vyložil v několika knihách a brožurách, zejména v knihách Recovering the Lost Tools of Learning a The Case for Classical Christian Education. V těchto spisech tvrdí, že americké veřejné školy selhávají ve vzdělávání svých žáků, a navrhuje křesťanský přístup ke vzdělávání založený na triviu, řecko-římském přístupu ke vzdělávání, který klade důraz na gramatiku, rétoriku a logiku a prosazuje široké seznámení se svobodnými uměními, včetně klasických západních jazyků, jako je latina a řečtina. Tento model převzala řada křesťanských soukromých škol a domácího vzdělávání.
O rodiněEdit
Wilson a jeho manželka napsali také řadu knih o rodinných otázkách založených na jejich chápání Bible, včetně knih Reformovat manželství, Federální manžel, Její ruka v manželství (o biblickém namlouvání), Stojíme na slibech:
O teologiiEdit
Wilson psal o teologických tématech v knihách jako Mother Kirk: Essays and Forays in Practical Ecclesiology, To a Thousand Generations on infant baptism a „Reformed“ Is Not Enough: V této knize se objevuje téma „dostatečné“: „The „enough““: Recovering the Objectivity of the Covenant. Je také známým zastáncem van tilliánské presupoziční apologetiky a postmilenialismu. Dopis křesťanského občana je Wilsonovou odpovědí na knihu ateisty Sama Harrise Dopis křesťanskému národu. V květnu 2007 Wilson diskutoval s dalším známým ateistou, Christopherem Hitchensem, v šestidílném seriálu publikovaném nejprve v časopise Christianity Today a následně jako kniha s názvem Je křesťanství dobré pro svět? s předmluvou Jonaha Goldberga. V říjnu následujícího roku debatovali osobně na třech různých místech ve třech po sobě následujících dnech.
Federální vizeEdit
Wilsonovy názory na teologii smlouvy, jak je zastává v knize „Reformovaný“ nestačí a ve svém příspěvku do Federální vize, vyvolaly v rámci teologie Federální vize určitou kontroverzi, částečně kvůli její podobnosti s Novou perspektivou Pavla, kterou Wilson plně nepodporuje, ačkoli chválil některé principy, které jsou v souladu s jeho teologií. Denominace RPCUS prohlásila jeho názory na toto téma za heretické, a přestože v době vydání rezoluce RPCUS již byla kniha „Reformované“ nestačí v procesu, Wilson se v ní snažil reagovat na některá jejich obvinění.
V roce 2007 Wilson vypracoval „Společné vyznání federální vize“. V roce 2017 na svém blogu uvedl: „Dospěl jsem k závěru, že slovní spojení federální vize je samo o sobě kamenem úrazu…..Stále bych chtěl potvrdit vše, co jsem podepsal v prohlášení o federální vizi…., ale myslím, že pokračovat v používání federální vize jako označení…. je jen matení věcí.“
Jižní otroctvíEdit
Wilsonovým zřejmě nejkontroverznějším dílem je jeho pamflet Jižní otroctví, jaké bylo, který napsal spolu se spoluzakladatelem Ligy Jihu a kolegou křesťanským duchovním Stevem Wilkinsem. V pamfletu se uvádělo, že „otroctví vytvořilo na Jihu skutečnou náklonnost mezi rasami, o níž můžeme říci, že nikdy před válkou ani po ní v žádném národě neexistovala“. Louis Markos poznamenává, že „ačkoli pamflet odsuzoval rasismus a tvrdil, že praxe jižanského otroctví je nebiblická, kritikům vadilo, že tvrdil, že americké otroctví bylo mírnější, než se obvykle uvádí v historických textech“. Historici jako Peter H. Wood, Clayborne Carson a Ira Berlin argumenty pamfletu odsoudili, přičemž Wood je označil za stejně falešné jako popírání holocaustu.
Wilson uspořádal v únoru 2004 na univerzitě v Idahu konferenci pro zastánce svých myšlenek, například pro pastora George Granta. Univerzita zveřejnila prohlášení, v němž se od akce distancovala, a konaly se četné protesty proti konferenci. Wilson kritické útoky označil za „abolicionistickou propagandu“. Opakovaně také popřel jakékoli rasistické sklony. Wilson své vlastní názory označil za „paleokonfederační“. Uvedl, že jeho „dlouhá válka“ není vedena ve prospěch nadřazenosti bílé rasy; Wilson spíše tvrdí, že usiluje o obnovení deklarované předchozí éry, kdy se víra a rozum zdály být v souladu a kdy rodina, církev a organické „společenství křesťanů“, které popisuje T. S. Eliot v knize Křesťanství a kultura, byly mocnější než stát.
Southern Poverty Law Center spojuje Wilsonovy názory s neokonfederačním a křesťanským hnutím Rekonstrukce ovlivněným R. J. Rushdoonym a dochází k závěru: „Wilsonova teologie je ve většině ohledů neodlišitelná od základních principů Rekonstrukce.“
Nakladatelství Canon Press ukončilo vydávání knihy Southern Slavery, As It Was, když se dozvědělo o závažných citačních chybách v několika pasážích, jejichž autorem je Wilkins. Robert McKenzie, profesor historie, který si problémů s citacemi všiml jako první, označil autory spíše za „nedbalé“ než „zlovolné“. Wilson argumenty v traktátu přepracoval a upravil a po konzultaci s historikem Eugenem Genovesem vydal (bez Wilkinse) nový soubor esejů pod názvem Black & Tan.