Předci jihoamerických koní pocházejí z koní, které na západní polokouli přivezli Španělé andaluských a dalších iberských krevních linií. V jižní části kontinentu se v geograficky izolovaných podmínkách vyvinulo značné množství těchto koní a v polovině 19. století se ve stádech Mapučů z jižní provincie Buenos Aires v argentinské Olavarrii vyskytovalo libovolné množství menších inbredních zvířat. Kůň Falabella byl původně vyšlechtěn v Argentině z místních koní plemene Criollo, a to od roku 1868 díky šlechtitelskému programu Patricka Newtalla. Po Newtallově smrti přešlo stádo a metody chovu na Newtallova zetě Juana Falabellu. Juan přidal další krevní linie, včetně velšského ponyho, shetlandského ponyho a malých plnokrevníků. Díky značnému příbuzenskému křížení se mu podařilo v rámci stáda získat trvale malou velikost.
Začátkem 40. let 20. století se potomek Julio C. Falabella, vytvořil oficiální registr plemene, Establecimientos Falabella, nyní Asociación de Criadores de Caballos Falabella (Asociace chovatelů koní Falabella), a pracoval na standardizaci plemene, aby dosáhl jednotné výšky, přičemž nejprve dosáhl průměrné velikosti pod 100 cm (40 palců) Později chovatelé vyvinuli moderní standard, plemeno koní, jehož průměrná výška je přibližně 76 cm (30 palců).