Po smrti Tegh Bahádúra se vedení sikhů ujal guru Gobind Singh (1666-1708), nejvýznamnější ze všech guruů s výjimkou guru Nanaka. Gobind Rai, jehož jméno bylo změněno na Gobind Singh pravděpodobně v době vzniku Khalsy, se narodil v Patně jako jediné dítě gurua Tegh Bahadura. V pěti letech byl přivezen do Anandpuru, kde se vzdělával v sanskrtu a perštině a v básnickém a válečném umění. Poprava jeho otce v Dillí, kterou vykonal Aurangzeb, musela na dítě hluboce zapůsobit. Několik let po nástupu do funkce gurua pokračoval ve vzdělávání v Šívalikských horách. Do dospělosti vyrostl jako vládce malého šíválíckého státu, účastnil se různých válek proti jiným šíválíckým náčelníkům a projevoval zvláštní zálibu v loveckém sportu.
Podle sikhské tradice se v den Baisakhi (indický Nový rok) koncem 17. století (přesný rok není znám, pravděpodobně to však byl rok 1699) konal v Anandpuru jarmark, kterého se měli zúčastnit všichni sikhové. Guru zůstal skrytý, dokud oslavy nevyvrcholily, když se náhle objevil ze stanu s taseným mečem a požadoval hlavu jednoho ze svých věrných stoupenců. Dav okamžitě ztichl a přemýšlel, co se stalo. Guru příkaz zopakoval a nakonec se Daya Singh přihlásil dobrovolně a byl odveden za zástěnu, aby byl vyexpedován. Gobind Singh se pak objevil znovu, z jeho meče kapala krev a požadoval druhou oběť. I ten byl odveden za zástěnu a opět bylo slyšet zvuk meče. Takto se pět věrných sikhů dohodlo, že zemřou za svého pána. Když zřejmě vyřídil pátého, zástěna byla odstraněna a všech pět bylo vidět, že je zcela živých. U jejich nohou leželo pět zabitých koz. Těchto pět dobrovolníků se stalo Panj Piare, „Chráněnou pětkou“, která dokázala, že o její věrnosti není pochyb.
Guru Gobind Singh vysvětlil, že si přál, aby se Panj Piare stali počátkem nového řádu, Khalsa („Čistí“, z perského khalisah, což také znamená „čistý“). Masandové (z nichž mnozí se stali svárlivými nebo zkaženými) by byli odstraněni a všichni sikhové by díky svému zasvěcení do khalsy byli povinováni věrností přímo guruovi. Gobind Singh poté zahájil amrit sanskar („nektarový obřad“), iniciační službu pro Panj Piare. Po skončení obřadu byl sám guru zasvěcen Panj Piare. Řád byl poté otevřen každému, kdo se k němu chtěl připojit, a sikhská tradice uvádí, že se k němu hlásily obrovské davy lidí.
Je třeba poznamenat, že navzdory přesvědčení mnoha sikhů některé hlavní rysy dnešní chalsy v Gobind Singhově době neexistovaly. Například ačkoli guru vyžadoval, aby zasvěcené osoby do khalsy nosily zbraně a nikdy si nestříhaly vlasy (aby alespoň muži nikdy nemohli popřít svou identitu khalsových sikhů), nošení „pěti k“ – kes nebo kesh (nestříhané vlasy), kangha (hřeben), kachha (krátké kalhoty), kara (ocelový náramek) a kirpan (obřadní meč) – se stalo povinností všech sikhů až po založení Singh Sabhy, náboženského a vzdělávacího reformního hnutí z konce 19. a počátku 20. století. Sikhský svatební obřad, při němž nevěsta a ženich obcházejí Guru Granth Sahib, je rovněž novodobým vývojem, který nahradil v podstatě hinduistický obřad, při němž nevěsta a ženich obcházejí posvátný oheň, zákonem Anand Marriage Act z roku 1909. Jména Singh („Lev“) pro sikhské muže a Kaur („Princezna“) pro sikhské ženy, dříve přijímaná při zasvěcení do khalsy, se nyní udělují všem sikhům při obřadu narození a pojmenování (viz níže Obřady a slavnosti). Všechny tyto změny byly začleněny do Rahitu, sikhského kodexu víry a chování, který dosáhl téměř konečné podoby na počátku 20. století.
Guru Gobind Singh věřil, že síly dobra a zla ve světě se někdy dostanou z rovnováhy. Když se síly zla stanou příliš velkými, zasahuje Akal Purakh do lidských dějin, aby rovnováhu napravil, přičemž jako své zástupce používá konkrétní lidské jedince. V Gobind Singhově době síly zla, reprezentované Mughaly pod vedením Aurangzeba, získaly převahu a Gobind Singh věřil, že je jeho úkolem rovnováhu napravit. Ve službě tomuto poslání byli sikhové oprávněni tasit meč. Toto přesvědčení vyjádřil v Zafar-namě („Epištole o vítězství“), dopise, který na sklonku života adresoval Augangzébovi.
Brzy po vzniku khalsy byl guru napaden dalšími šívalskými náčelníky, kteří se spolčili s mughalským guvernérem města Sirhind. V roce 1704 byl nucen ustoupit z Anandpuru a v následné bitvě ztratil dva ze svých čtyř synů. Zbývající dva synové byli zajati a předáni guvernérovi Sirhindu, který je krutě popravil zaživa zazděním. Osud těchto dvou dětí zůstává od té doby pro sikhy mučivým příběhem.
Z Anandpuru Gobind Singh uprchl do jižního Paňdžábu, kde u Muktsaru způsobil svým pronásledovatelům porážku. Poté se přesunul do Damdamy, kde zůstal až do roku 1706 a podle tradice se zabýval konečnou revizí Adi Granthu. Když Aurangzeb v roce 1707 zemřel, Gobind Singh souhlasil, že bude doprovázet Aurangzebova nástupce Bahádúra Šáha do jižní Indie. Po příjezdu do Nandedu na břehu řeky Godavari v roce 1708 byl zavražděn agenty guvernéra Sirhindu.
Guru Gobind Singh je bezpochyby krásným ideálem sikhů. Jeho vyobrazení a vyobrazení guru Nanaka se běžně nacházejí v sikhských domácnostech. Je považován za nejvyšší vzor všeho, čím by měl sikh z khalsy (gursikh) být. Je obdivována jeho statečnost, váží si jeho ušlechtilosti a hluboce ctí jeho dobrotu. Povinností každého člena khalsy je proto následovat jeho cestu a konat skutky, které by ho byly hodny.