Paraziti a bakterie se vyvíjeli společně s lidstvem a neustále se vzájemně ovlivňují nesčetnými způsoby. Například některé bakteriální infekce jsou důsledkem bakterií obývaných parazity, jako v případě infekce salmonelami při schistosomóze. Jiné bakterie synergicky spolupracují s parazity při evoluci lidských onemocnění, jako v případě interakce mezi endosymbiontem bakterií Wolbachia a filárními hlísticemi, stejně jako interakce mezi gramnegativními bakteriemi a Schistosoma haematobium v patogenezi rakoviny močového měchýře. Sekundární bakteriální infekce mohou navíc komplikovat některá parazitární onemocnění, jako je viscerální leishmanióza a malárie, v důsledku imunosuprese hostitele během parazitárních infekcí. Bakterie mohou také kolonizovat parazitární léze; například hydatidové cysty a kožní léze ektoparazitů. Pozoruhodné je, že někteří parazitičtí helminti a členovci vykazují antibakteriální aktivitu obvykle uvolňováním specifických antimikrobiálních produktů. A konečně, některé interakce mezi parazity a bakteriemi jsou vyvolány jako při použití probiotických bakterií k modulaci výsledku různých parazitárních infekcí. Souhrnně lze říci, že interakce mezi parazity a bakteriemi zahrnují složité procesy, které nepřestávají výzkumníky zajímat. Pochopení a využití těchto interakcí by však mohlo mít profylaktický a léčebný potenciál u infekcí způsobených oběma typy patogenů.