Der Befreiungskampf in Tanganjika wurde von der Tanganyika African National Union angeführt, deren Flagge eine horizontale Trikolore aus Grün-Schwarz-Grün war. Wahlen bestätigten den überwältigenden Rückhalt der Organisation in der Bevölkerung, und die britischen Behörden schlugen vor, die Parteiflagge zu ändern, um sie nach der Unabhängigkeit am 9. Dezember 1961 als Nationalflagge zu verwenden. Damals wurden gelbe Fransen hinzugefügt.
Unter arabischer Herrschaft hatte Sansibar lange Zeit eine rote Flagge geführt, doch am 12. Januar 1964 kam ein schwarzafrikanisches Regime unter einer schwarz-gelb-blauen Flagge an die Macht. Im folgenden Monat führte die regierende Afro-Shirazi-Partei eine neue Nationalflagge ein, die ihrer eigenen ähnelte. Die horizontalen blau-schwarz-grünen Streifen standen für das Meer, das Volk bzw. das Land, während ein schmaler weißer vertikaler Streifen an der Hisslinie für den Frieden stand.
Im April 1964 vereinigten sich die Länder Tanganjika und Sansibar, und Anfang Juli wurden ihre Flaggentraditionen zur neuen Nationalflagge Tansanias zusammengeführt. Die Farben der Flagge wurden zur besseren Unterscheidbarkeit diagonal eingearbeitet. Die Bevölkerungsmehrheit des Landes wird durch den schwarzen Streifen symbolisiert, während Grün auf die reichen landwirtschaftlichen Ressourcen des Landes hinweist. Der Reichtum an Bodenschätzen spiegelt sich in den schmalen gelben Rändern wider, während der Indische Ozean durch Blau symbolisiert wird. Nach der Vereinigung Sansibars mit Tanganjika wurde die sansibarische Flagge dennoch weiterhin auf den Inseln verwendet.