La lotta di liberazione in Tanganica fu guidata dalla Tanganyika African National Union, la cui bandiera era un tricolore orizzontale verde-nero-verde. Le elezioni confermarono il travolgente sostegno popolare all’organizzazione, e le autorità britanniche suggerirono di modificare la bandiera del partito per usarla come bandiera nazionale dopo l’indipendenza del 9 dicembre 1961. Le fimbrature gialle furono aggiunte in quel momento.
Sotto il dominio arabo Zanzibar aveva a lungo battuto una bandiera rossa, ma un regime nero africano andò al potere il 12 gennaio 1964, sotto una bandiera nera, gialla e blu. Il mese successivo il partito Afro-Shirazi al potere introdusse una nuova bandiera nazionale simile alla sua. Le strisce orizzontali blu-nero-verde stavano rispettivamente per il mare, il popolo e la terra, mentre una stretta striscia verticale bianca sull’alzata stava per la pace.
Nell’aprile 1964 i paesi di Tanganica e Zanzibar si unirono, e all’inizio di luglio le loro tradizioni di bandiera si fusero per creare la nuova bandiera nazionale della Tanzania. I colori della bandiera sono stati incorporati diagonalmente per distinguerli. La maggioranza della popolazione del paese è simboleggiata dalla striscia nera, mentre il verde suggerisce le ricche risorse agricole della terra. La ricchezza mineraria si riflette negli stretti confini gialli, mentre l’Oceano Indiano è simboleggiato dal blu. Dopo che Zanzibar si è unita al Tanganica, la bandiera di Zanzibar ha comunque continuato ad essere usata localmente su quelle isole.