La estirpe ancestral del caballo de Sudamérica descendía de los caballos traídos al hemisferio occidental por los españoles de linaje andaluz y otros ibéricos. En el sur del continente, un número significativo de estos caballos se desarrolló en condiciones de aislamiento geográfico y, a mediados del siglo XIX, había un número de animales más pequeños y consanguíneos en las manadas de mapuches del sur de la provincia de Buenos Aires en Olavarría, Argentina. El caballo Falabella se desarrolló originalmente en Argentina a partir de caballos locales de raza criolla, a partir de 1868 con el programa de cría de Patrick Newtall. Cuando Newtall murió, la manada y los métodos de cría pasaron al yerno de Newtall, Juan Falabella. Juan añadió líneas de sangre adicionales, incluyendo el poni galés, el poni shetland y los pequeños purasangres. Con una considerable endogamia, fue capaz de ganar consistentemente un tamaño pequeño dentro de la manada.
A partir de la década de 1940, un descendiente, Julio C. Falabella, creó un registro formal de la raza, los Establecimientos Falabella, ahora la Asociación de Criadores de Caballos Falabella, y trabajó para estandarizar la raza para alcanzar una altura consistente, logrando primero un tamaño promedio de menos de 100 cm (40 in) Más tarde los criadores desarrollaron el estándar moderno, una raza de caballos que promediaba aproximadamente 76 cm (30 in) de altura.