Tras la muerte de Tegh Bahadur, Gurú Gobind Singh (1666-1708), el más importante de todos los Gurús a excepción de Gurú Nanak, asumió el liderazgo de los sijs. Gobind Rai, cuyo nombre fue cambiado por el de Gobind Singh posiblemente en el momento de la creación de la Khalsa, nació en Patna, siendo el único hijo de Guru Tegh Bahadur. A los cinco años fue llevado a Anandpur y educado en sánscrito y persa y en las artes de la poesía y la guerra. La ejecución de su padre en Delhi por parte de Aurangzeb debió causar una profunda impresión en el niño. Durante varios años después de su sucesión como Guru, continuó su educación en las colinas de Shiwalik. Llegó a la madurez como gobernante de un pequeño estado de Shiwalik, participando en varias guerras contra otros caciques de Shiwalik y demostrando un particular deleite en el deporte de la caza.
Según la tradición sij, en el día de Baisakhi (el año nuevo indio) a finales del siglo XVII (el año exacto es incierto, aunque probablemente fue 1699), se celebró una feria en Anandpur, y se ordenó a todos los sijs que asistieran. El Gurú permaneció oculto hasta que las celebraciones estaban en su punto álgido, cuando apareció de repente desde una carpa llevando una espada desenvainada y exigiendo la cabeza de uno de sus fieles seguidores. Al instante, la multitud se quedó en silencio, preguntándose qué había pasado. El Gurú repitió la orden, y finalmente Daya Singh se ofreció voluntario y fue llevado detrás de un biombo para ser despachado. Gobind Singh reapareció entonces, con su espada chorreando sangre, y exigió una segunda víctima. También él fue escoltado tras el biombo, y de nuevo se oyó el sonido de la espada. De este modo, cinco leales sikhs aceptaron morir por su amo. Cuando aparentemente hubo despachado al quinto, se retiró el biombo y se vio que los cinco estaban muy vivos. A sus pies yacían cinco cabras sacrificadas. Los cinco voluntarios se convirtieron en los Panj Piare, los «Cinco Apreciados», que habían demostrado que su lealtad estaba fuera de toda duda.
El Gurú Gobind Singh explicó que deseaba que los Panj Piare fueran el comienzo de una nueva orden, la Khalsa («la Pura», del persa khalisah, que también significa «pura»). Los masands (muchos de los cuales se habían vuelto pendencieros o corruptos) serían eliminados, y todos los sikhs, a través de su iniciación en la Khalsa, deberían lealtad directamente al Gurú. Gobind Singh comenzó entonces el amrit sanskar («ceremonia del néctar»), el servicio de iniciación del Panj Piare. Una vez concluido el rito, el propio Gurú fue iniciado por el Panj Piare. La orden se abrió entonces a cualquiera que deseara unirse, y la tradición sij informa de que respondieron enormes multitudes.
Hay que señalar que, en contra de la creencia de muchos sijs, algunas características centrales de la Khalsa actual no existían en la época de Gobind Singh. Por ejemplo, aunque el Gurú exigía que los iniciados en la Khalsa llevaran armas y nunca se cortaran el pelo (para que al menos los hombres nunca pudieran negar su identidad como sikhs de la Khalsa), el uso de las «Cinco K» -kes o kesh (pelo sin cortar) kangha (peine), kachha (pantalones cortos), kara (brazalete de acero) y kirpan (espada ceremonial), no se convirtió en una obligación para todos los sijs hasta el establecimiento del Singh Sabha, un movimiento de reforma religiosa y educativa de finales del siglo XIX y principios del XX. La ceremonia de boda sij, en la que los novios caminan alrededor del Guru Granth Sahib, es también un desarrollo moderno, ya que sustituyó al rito esencialmente hindú, en el que los novios caminan alrededor de un fuego sagrado, por la Ley de Matrimonio Anand de 1909. Los nombres Singh («León») para los hombres sijs y Kaur («Princesa») para las mujeres sijs, que antes se adoptaban al iniciarse en la Khalsa, se otorgan ahora a todos los sijs en una ceremonia de nacimiento y nombramiento (véase más adelante Ritos y festivales). Todos estos cambios se han incorporado al Rahit, el código de creencias y conducta de los sijs, que alcanzó casi su forma definitiva a principios del siglo XX.
El gurú Gobind Singh creía que las fuerzas del bien y del mal en el mundo a veces se desequilibran. Cuando las fuerzas del mal se vuelven demasiado grandes, el Akal Purakh interviene en la historia humana para corregir el equilibrio, utilizando a determinados individuos humanos como sus agentes. En la época de Gobind Singh, las fuerzas del mal, representadas por los mogoles bajo el mando de Aurangzeb, se habían impuesto, y era tarea de Gobind Singh, según él, corregir el equilibrio. Al servicio de esta misión, estaba justificado que los sikhs sacaran la espada. Expresó esta convicción en Zafar-nama («Epístola de la victoria»), una carta que dirigió en vida a Augangzeb.
Poco después de la creación de la Khalsa, el Gurú fue atacado por otros jefes Shiwalik aliados con el gobernador mogol de la ciudad de Sirhind. En 1704 se vio obligado a retirarse de Anandpur, perdiendo dos de sus cuatro hijos en la batalla que siguió. Los dos hijos restantes fueron tomados como prisioneros y entregados al gobernador de Sirhind, que los ejecutó cruelmente, aprisionándolos vivos. El destino de estos dos niños ha seguido siendo una historia agonizante para los sikhs desde entonces.
Desde Anandpur, Gobind Singh escapó al sur del Punjab, donde infligió una derrota a sus perseguidores en Muktsar. Luego se trasladó a Damdama, permaneciendo allí hasta 1706 y, según la tradición, ocupándose de la revisión final del Adi Granth. Cuando Aurangzeb murió en 1707, Gobind Singh aceptó acompañar al sucesor de Aurangzeb, Bahādur Shāh, al sur de la India. Al llegar a Nanded, a orillas del río Godavari, en 1708, fue asesinado por agentes del gobernador de Sirhind.
El gurú Gobind Singh es, sin duda, el bello ideal de los sikhs. En los hogares sijs es habitual encontrar ilustraciones de él y de Guru Nanak. Se le considera el ejemplo supremo de todo lo que debe ser un sij de la Khalsa (un gursikh). Se admira su valentía, se estima su nobleza y se venera profundamente su bondad. El deber de todo miembro de la Khalsa, por lo tanto, es seguir su camino y realizar obras que sean dignas de él.