La Ley de Permanencia en el Cargo restringía el poder del Presidente para suspender a un funcionario mientras el Senado no estuviera reunido. (En esa época, el Congreso sesionaba durante una porción relativamente pequeña del año.) Si, cuando el Senado volvía a reunirse, se negaba a ratificar la destitución, el Presidente debía reincorporar al funcionario.
En agosto de 1867, con el Senado fuera de sesión, Johnson hizo su jugada contra Stanton, suspendiéndolo hasta la siguiente sesión del Senado. Cuando el Senado se reunió el 13 de enero de 1868, se negó, sin embargo, a ratificar la destitución por una votación de 35 a 6. A pesar de la votación, el Presidente Johnson nombró al General Ulysses S. Grant como Secretario de Guerra porque quería, con esa acción, crear un caso a través del cual impugnar la legitimidad de la Ley ante la Corte Suprema. A los pocos días se iniciaron los procedimientos para avanzar hacia la destitución de Johnson, la primera destitución de un Presidente de los Estados Unidos. Tras un juicio de tres meses, Johnson evitó por poco la destitución por parte del Senado por un solo voto. Stanton dimitió en mayo de 1868.
No estaba muy claro si Johnson había violado la Ley de Permanencia en el Cargo que condujo al juicio político. La redacción de la ley era turbia, y no estaba claro si la destitución de Stanton (un remanente de la administración de Lincoln que Johnson no había nombrado) violaba la ley. Si bien la Ley, por sus términos, se aplicaba a los titulares de los cargos actuales, también limitaba la protección ofrecida a los miembros del Gabinete a un mes después de que el nuevo presidente asumiera el cargo.
La Constitución de la Confederación era más explícita en cuanto a la destitución de los cargos ejecutivos del gobierno federal. Disponía que «el funcionario principal de cada uno de los Departamentos Ejecutivos , y todas las personas relacionadas con el servicio diplomático, pueden ser removidos de su cargo a voluntad del Presidente». Todos los demás funcionarios civiles del Departamento Ejecutivo podrían ser removidos sólo «cuando sus servicios sean innecesarios, o por deshonestidad, incapacidad, ineficacia, mala conducta o negligencia en el cumplimiento del deber, y cuando así sea, la remoción será reportada al Senado, junto con las razones de la misma.»
Dado el desacuerdo sobre si la Ley de Permanencia en el Cargo violaba la Constitución de los Estados Unidos, el curso de acción adecuado habría sido no impugnar al Presidente, sino que Stanton demandara por despido injustificado y pago retroactivo, como sucedió en el caso posterior de Myers vs. Estados Unidos.