Los cuadernos se digitalizan

Los cuadernos de laboratorio electrónicos están cambiando la forma en que muchos científicos interactúan con la información. Estos cuadernos, abreviados ELN, capturan los detalles de los experimentos y los datos que son totalmente buscables dentro y a través de los experimentos. También pueden proporcionar automáticamente información de terceros a los científicos.

Las grandes empresas de ELN se han dedicado a realizar fusiones y adquisiciones en los últimos dos o tres años, adoptando empresas más pequeñas para ayudarles a ampliar su cartera. Los mayores proveedores han reunido herramientas para ofrecer no sólo la captura de datos, sino también el análisis y la visualización de los mismos», observa John Trigg, consultor de ELN en PhaseFour Informatics. Esto les ha permitido avanzar hacia la oferta de una plataforma que se puede conectar». «Las redes electrónicas están dejando de ser específicas para cada disciplina y se están acercando a un enfoque modular en el que se tiene un núcleo genérico, la herramienta de creación, pero con la capacidad de conectar otros tipos de funcionalidad que satisfagan los requisitos de la química, la biología y la garantía de calidad», explica Trigg. Las empresas más importantes son IDBS, CambridgeSoft (propiedad de PerkinElmer) y Accelrys, pero hay muchas empresas más pequeñas que ofrecen ELN con algunas funciones interesantes.

El precio es un gran problema para el mundo académico

Las ELNs evolucionaron a partir de herramientas de escritorio, dedicadas a disciplinas científicas específicas, o de herramientas de autoría genéricas, que replican el cuaderno de laboratorio de papel. El resultado es un grupo variopinto de productos, algunos de los cuales invaden otras herramientas informáticas, como los sistemas de gestión de información de laboratorio (LIMS), los sistemas de gestión de datos científicos y los sistemas de ejecución de laboratorio. La convergencia causa cierta confusión a los clientes, pero en esencia las personas que compran una ELN se dirigen hacia un «laboratorio sin papeles», en el que la ELN se integra con otros sistemas de laboratorio.

Las grandes farmacéuticas fueron las primeras en adoptar las ELN, pero las pequeñas biotecnológicas, los laboratorios académicos y las pequeñas empresas en general han sido más cautelosas. Además, algunas ELN forman parte de paquetes más grandes que podrían considerarse caros de comprar y mantener con soporte informático.

Accelrys/Contur

En 2008, el Karolinska Institutet (KI) de Estocolmo, Suecia, descubrió algunos problemas clave durante una auditoría interna y decidió que los cuadernos de papel eran un lastre. Muchos de los cuadernos contenían impresiones electrónicas que habían sido impresas y pegadas, lo que parecía un atraso. Algunos grupos de investigación del KI ya utilizaban redes electrónicas, explica la directora del proyecto, Cecilia Bjorkdahl; normalmente esto ocurría después de que un académico hubiera trabajado para una empresa de biotecnología o farmacéutica y regresara a la universidad. «Querían continuar con la documentación electrónica que habían utilizado anteriormente», explica.

La universidad se asoció con dos universidades de medicina de Suecia y dio el paso, seleccionando iLabber de Contur. ‘Teníamos epidemiólogos y químicos y todo lo demás, así que necesitábamos algo que no fuera demasiado específico’, dice Bjorkdahl. Además, aquí es donde conseguimos más por nuestro dinero». Los proveedores de ELN reconocen que el precio es un gran problema para el mundo académico, y KI decidió que Contur ofrecía valor. Algunos de los otros sistemas que examinamos eran al menos el doble de caros y nos dieron la impresión de que requerirían mucho más trabajo continuo». Dice que el sistema que adoptaron tiene un mantenimiento relativamente bajo y era uno de los más fáciles de manejar desde el punto de vista informático. Hasta ahora, alrededor de 1.800 personas utilizan la ELN de Contur en el instituto, de las 4.500 posibles.

Sin embargo, hay aspectos negativos. Se trata de un producto listo para usar», dice Bjorkdahl, «por lo que tiene algunas desventajas a la hora de adaptar el sistema a los distintos grupos y funciona mejor para algunos». El variado entorno informático causó problemas al principio y el proveedor de la ELN tuvo que prestar más atención a los requisitos de los Mac, que constituían el 20-30% de las interfaces de usuario. Había una versión cliente accesible desde un servidor, pero los problemas impulsaron a la empresa a desarrollar una versión web, agnóstica para PC y Mac. Hubo quejas sobre la flexibilidad de la herramienta de procesamiento de textos, en la que se ha trabajado desde entonces, y llevó tiempo organizar quién debía ver qué y cuándo dentro de la ELN.

Contur fue adquirida por Accelrys en mayo de 2011, lo que llevó a algunas especulaciones sobre el futuro de su ELN. Sin embargo, Thomas Rozlucki, de Accelrys, afirma que la ELN de Contur se encuentra cómodamente junto a su propio cuaderno. Hemos hecho un trabajo importante para integrar el producto Contur con la plataforma empresarial de Accelrys», afirma. Las empresas más grandes pueden utilizar la plataforma de Accelrys, mientras que los contratistas, proveedores o socios pueden optar por la ELN de Contur. La ELN de Accelrys también cuenta con una gran integración de instrumentos, por ejemplo, y tiene un historial de despliegue en entornos regulados, lo que la diferencia de la ELN de Contur», explica. Por razones de cumplimiento, las grandes farmacéuticas necesitan tener instrumentos integrados con las ELN en la química analítica y de proceso. El cuaderno Accelrys, anteriormente Symyx, se considera una ELN empresarial sofisticada.

Accelrys ofrece un precio académico de descuento en su ELN Contur de 120 dólares (~80 libras) por una suscripción de 12 meses. Una hora de formación es suficiente, según la empresa, que menciona como clientes a la Universidad de Yale, Carlsberg y Heinz. Las estructuras y reacciones químicas se registran con herramientas propias de dibujo químico. Bjorkdahl dice que les permite documentar todo el proceso de investigación, incluida la toma de decisiones que lleva la investigación en nuevas direcciones.

IDBS

El departamento de química de la Universidad de Cambridge, en el Reino Unido, lleva varios años utilizando las ELN E-WorkBook de IDBS. El director de TI, Tim Dickens, afirma que la empresa está considerada como un buen actor en el ámbito de la química y la medicina traslacional, pero dice que la penetración de las ELN en el mundo académico ha sido muy desigual. Afirma que la recompensa es clara, ya que sustituye «la información garabateada en un cuaderno, la tecnología utilizada aquí en Cambridge desde Isaac Newton, por una configuración electrónica que tiene muchas ventajas, como evitar que se repitan los experimentos, enlazar los resultados de diferentes instrumentos y localizarlos para escribirlos». El sistema IDBS es potente y ha demostrado ser popular entre los equipos que han invertido el tiempo necesario para entenderlo, añade.

Nos alejamos de la tradicional ELN para pasar a la gestión, cálculo y análisis de datos

El E-workbook, según IDBS, es muy adaptable para satisfacer las necesidades de todos los investigadores, desde cualquier biólogo investigador hasta el químico medicinal o sintético. También cuenta con una aplicación ChemBook que se asienta sobre la plataforma del E-workbook y amplía su funcionalidad con capacidades quimioinformáticas específicas que permiten capturar, compartir, visualizar y buscar una variedad de tipos de datos químicos de forma rápida y segura. Jonathan Davies, de IDBS, afirma que el E-workbook básico es un «producto al que podemos añadir sabores particulares para adaptarnos a ámbitos concretos». ChemBook añade la capacidad de entender la reacción, de buscarla y de poder hacer flujos de trabajo apropiados para un químico.

«Nos estamos alejando de la ELN tradicional, que era un sustituto del cuaderno de laboratorio de papel, y nos adentramos más en el ámbito de la gestión de datos, el cálculo y el análisis», afirma Davies. Otra tendencia importante, señalada por múltiples proveedores de ELN, es el enfoque en la facilidad de uso, en parte provocado por las interfaces fáciles e intuitivas que muchas personas están acostumbradas a utilizar en productos como los teléfonos inteligentes y las tabletas. Las redes electrónicas son herramientas que la gente utiliza a diario. Así que nos estamos concentrando en poner mucho esfuerzo en el diseño de la interfaz de usuario para que sea lo más directa y sencilla posible», afirma Davies.

Una de las desventajas del sistema IDBS, según Dickens, es que funciona con Oracle, «un paquete bastante caro de gestionar técnicamente y bastante complicado. Estaría bien que utilizara un sistema alternativo, como el sistema de base de datos de código abierto Postgress».

Otro problema en Cambridge era la diversidad de dispositivos que utilizaban los estudiantes, con gente que utilizaba Linux, Macs, PCs, sus propios portátiles y más. A Dickens le gustaría ver una interfaz web totalmente funcional, que incluyera la posibilidad de dibujar moléculas sin necesidad de utilizar diferentes paquetes de dibujo químico. En la actualidad, IDBS dispone de una ELN habilitada para la web que está siendo mejorada, afirma.

«Nuestro producto es realmente una versión para PC, pero estamos trasladando continuamente más de esa funcionalidad a la web con una interfaz web que soporta diferentes plataformas», explica Davies. Admite que las universidades son un entorno difícil, pero dice que su sistema tiene muchas ventajas sobre otras ofertas. El backend es una base de datos Oracle. La ventaja que ofrece es la seguridad, la escalabilidad y el rendimiento». ChemBook de IDBS cuenta con Total Petrochemicals y BASF entre sus clientes.

Richard Whitby, de la Universidad de Southampton, ha estudiado varias ELN y considera que el sistema IDBS es «el mejor» para el mundo académico, y dice que su experiencia es que, con la infraestructura y la formación adecuadas, es un buen sistema.

CambridgeSoft

PerkinElmer decidió ampliar su negocio de informática tras una revisión hace unos dos años y adquirió CambridgeSoft en marzo de 2011. Su ELN es líder en el mercado y el E-Notebook for Chemistry promete satisfacer las necesidades de los químicos investigadores de todos los sectores. El E-notebook es el mismo producto sea cual sea la industria a la que vendemos. Los usuarios compran módulos adicionales para aplicaciones específicas. Todas esas piezas encajan en una plataforma que llamamos Ensemble for Chemistry», afirma Clive Higgins, vicepresidente de marketing de PerkinElmer.

«PerkinElmer está en el negocio de la creación de datos e hizo un movimiento estratégico para adquirir algunas empresas y gestionar esos datos a través de las tecnologías ELN y LIMS. El siguiente problema es el análisis, la interpretación y la visualización de esos datos», afirma. La mayoría de los clientes de CambridgeSoft utilizan PCs y Windows en el front end y servidores Oracle en el back end. La Universidad de Harvard, las pequeñas biotecnologías y las grandes farmacéuticas son clientes.

PerkinElmer

Una captura de pantalla del E-Notebook for Chemistry, realizado por CambridgeSoft, que ahora forma parte de PerkinElmer

Un ejemplo de componente integrado en su cuaderno de química es ChemBioDraw, que permite a los químicos crear esquemas de reacción; la ELN genera automáticamente los nombres Iupac y las tablas de estequiometría y sus aplicaciones de química prometen un eje central de actividades que se integra con el flujo de trabajo de los químicos. Los datos capturados con la ELN pueden buscarse y analizarse mediante ChemBioViz, con enlaces opcionales a Spotfire para una potente visualización y análisis, dice la empresa.

«Las ELN basadas en la web tienden a quedarse sin capacidad cuando empiezas a tener cientos de usuarios. Nuestras capacidades y nuestro trabajo con Oracle hacen que nuestro producto tenga una escalabilidad probada», afirma Higgins.

No todo el mundo está encantado. Whitby, por ejemplo, se queja de que CambridgeSoft «no ha demostrado ningún compromiso real en el pasado y se ha mostrado muy inflexible con respecto a los pilotos».

Pero Dickens, de Cambridge, es más positivo. Tenemos grupos de personas que utilizan la versión para un solo usuario y tengo entendido que encuentran la interfaz intuitiva, proporcionando información de una manera limpia y clara para empezar. Y también hay un sistema de inventario químico. Trabajando en química sintética no necesariamente quieres todas las características ricas que IDBS proporciona.’

Otros actores

El precio de la configuración de los sistemas de los grandes actores puede rondar los 25.000 dólares. Esa cifra los sitúa en una liga diferente a la que pueden tener en mente las pequeñas empresas o laboratorios. Suhaib Siddiqi es el vicepresidente de tecnología de ZS Genetics, una pequeña empresa de biotecnología genómica de Massachusetts (EE.UU.), que ha probado una serie de ELN. A Siddiqi le preocupa que algunos cuadernos exijan demasiado apoyo: ‘No quiero que mis químicos corran a la informática. Somos una empresa nueva. Queríamos un producto de precio razonable y bien diseñado», dice.

Siddiqi optó por Espresso ELN de ChemBytes, que, según dice, puede instalarse y utilizarse en 15 minutos. Su creador es Stefan Abrecht, que trabajó como químico de procesos en la industria durante 20 años antes de crear ChemBytes. Espresso se dirige a los químicos orgánicos, incluidos los químicos de polímeros y organometálicos. No es tanto una suite para el trabajo de formulación», dice Abrecht, que desarrolló la ELN para que fuera fácil de instalar y de uso intuitivo. Sólo está disponible para trabajar con PC.

Chembytes

Espresso de ChemBytes

Espresso no requiere un servidor para funcionar, cuesta 129 dólares y toda la funcionalidad está incorporada localmente, incluidas las búsquedas de subestructuras de reacción. Resulta atractivo para quienes no disponen de recursos para una infraestructura de servidores, según Abrecht. Lo que diferencia a mi aplicación es que se centra en el protocolo de los experimentos. Me sorprende ver productos con pequeños cuadros de texto para introducir el protocolo. Este es el corazón de una ELN, por lo que Espresso ELN cuenta con un editor de protocolos muy funcional, vinculado a una base de datos de materiales, con datos estequiométricos mantenidos en segundo plano», afirma. Espresso puede organizar y resumir automáticamente los experimentos del proyecto, añadidos sin una secuencia especial, en un esquema gráfico de reacción contiguo. Siddiqi afirma que le gustaría que se añadieran más funciones biológicas al sistema.

Otra alternativa es una ELN de código abierto; GGA Software Services fue elegida para desarrollar, comercializar y distribuir la ELN interna de Pfizer como versión de código abierto, Indigo. GGA había trabajado con Pfizer para apoyar y mantener la ELN original durante varios años. Indigo se describe como altamente configurable y extensible. Es compatible con los sistemas Linux, Windows y Mac OS X.

«Se ha desarrollado con las aportaciones de miles de químicos de Pfizer durante muchos años», afirma Richard Golob, de GGA, «por lo que es una plataforma probada y comprobada». Dice que GGA ayudará a mantener, personalizar y configurar la ELN para las empresas. Golob ve grandes oportunidades para que Indigo sea utilizado por socios externos, laboratorios y contratistas que trabajan con las grandes farmacéuticas, ofreciendo una ELN química de bajo coste. Siddiqi consideró Indigo pero pensó que era demasiado complejo para lo que necesitaban, pero puede ser adecuado para otros.

Hay docenas de otras opciones. Agilent, una empresa de instrumentos, entró en el espacio ELN a través de una adquisición y ofrece un producto, OpenLAB ELN, que puede tratar con los datos que salen de los instrumentos. Otra es Dotmatics, que procede del ámbito del análisis de datos y ha añadido una ELN a su cartera como medio para capturar y analizar datos. Otra opción es Sciency ELN de RURO. La empresa lo describe como un entorno de investigación escalable e integrado para gestionar y compartir datos que puede agilizar los procesos del laboratorio. Por último, existen otras opciones de software de código abierto desarrolladas por las universidades de Southampton y Manchester (LabTrove y Myexperiment).

Imagen de conjunto

Varios proveedores de ELN ofrecen pruebas gratuitas y, sin duda, merece la pena tenerlo en cuenta a la hora de decidirse por una plataforma de ELN. El coste y la sofisticación varían, pero los grandes proveedores no difieren enormemente en el precio, dice Trigg. La mayoría de los principales sistemas actuales son bastante sofisticados, pero adaptarlos a las necesidades particulares puede requerir una configuración», añade, que puede resultar costosa y complicada. Trigg aconseja a los clientes potenciales que pidan una estimación del coste total de propiedad durante un periodo de tiempo, por ejemplo, cinco o diez años. Está seguro de que las redes electrónicas de información sacarán de los laboratorios el cuaderno de papel en la próxima década.

«No creo que en los próximos 10 años ningún laboratorio quiera seguir utilizando el papel debido a la tendencia a la integración de los procesos empresariales de principio a fin, con enlaces sin fisuras a los flujos de información», afirma. ‘Hay una especie de inevitabilidad en todo esto’

Anthony King es un escritor científico con sede en Dublín, Irlanda

Siguiendo la tendencia

Michael Elliot, del grupo de consultoría Atrium Research, habla con Chemistry World sobre las tendencias del mercado de las ELN

P. Qué tendencias específicas han surgido en el mercado de las NDE en los últimos años?

Hay varias tendencias, tanto desde la perspectiva del mercado como del producto. En el sector biofarmacéutico, el mercado se está moviendo definitivamente hacia áreas como la química analítica, el desarrollo de productos biológicos y la calidad. En otros segmentos, la adopción de ELN en sectores como el de la alimentación y las bebidas, los productos de consumo y la fabricación de productos químicos (no farmacéuticos) se está acelerando, coincidiendo con las tendencias que vimos en los LIMS a finales de la década de 1980 y principios de la de 1990.

Ambas tendencias están empujando a los proveedores hacia diferentes dimensiones: intentan simplificar los productos para satisfacer a un público más amplio y, al mismo tiempo, añaden funcionalidades adicionales, como el seguimiento de muestras y resultados necesarios para el desarrollo y la calidad. Esta tendencia a la convergencia de la funcionalidad similar a la de los LIMS en la ELN puede, de hecho, aumentar la complejidad del producto.

P. Cómo han satisfecho los proveedores de ELN las necesidades de las pequeñas empresas y/o del mundo académico?

Yo separaría aquí a las pequeñas empresas del mundo académico. Las pequeñas empresas han adoptado ELN desde el principio y tienen una amplia variedad de opciones para seleccionar. El mundo académico es una bestia diferente donde la adopción es baja. Mientras que las grandes instituciones han implementado ELN, esto es una pequeña porción del mercado académico en general, lo que resulta en menos de una tasa de adopción del 10%.

El problema más grande en el mundo académico es una falta de voluntad general para adoptar ELN muy temprano en la enseñanza

Las cuestiones son bastante complejas en este sector. La mayoría de las instituciones no tienen la necesidad de las herramientas de protección de la propiedad intelectual que ofrecen la mayoría de los productos. La necesidad es desde el punto de vista de la colaboración, y hay un amplio número de herramientas «tipo ELN» que se pueden utilizar, algunas incluso gratuitas. Así, mientras que algunos grupos no utilizan ELNs pueden utilizar otras herramientas que proporcionan la funcionalidad necesaria.

El problema más grande que veo en el mundo académico es una falta de voluntad general para cambiar y adoptar ELN muy temprano en la enseñanza. Sí, hay algunos problemas con el costo, pero varios proveedores ofrecen soluciones de muy bajo precio para fines educativos. Se trata más bien de una resistencia a comprender la importancia de la tecnología -en particular para la química sintética- en los futuros empleadores. Debemos formar a los estudiantes en la tecnología que utilizarán en el futuro y aprender formas de mejorarla, en lugar de formarlos a través de paradigmas obsoletos en papel.

Q ¿Han salido nuevos proveedores de ELN especialmente innovadores en los últimos dos o tres años?

Sinceramente, en los últimos dos o tres años, no me ha llamado la atención ningún producto que sea especialmente novedoso o que sea tan innovador que realmente destaque sobre los demás. Los últimos años han sido cambios evolutivos con capacidades adicionales y trabajo en algunas nuevas interfaces de usuario.

Atrium Research publica una revisión exhaustiva del mercado de ELN.

Deja una respuesta

Tu dirección de correo electrónico no será publicada.