A raça ancestral do cavalo da América do Sul descende de cavalos trazidos para o hemisfério ocidental pelos espanhóis da Andaluzia e outras linhagens ibéricas. Na parte sul do continente, um número significativo destes cavalos desenvolveu-se dentro de condições geograficamente isoladas e em meados do século XIX, havia qualquer número de animais menores e consanguíneos nos rebanhos de Mapuche do sul da província de Buenos Aires em Olavarría, Argentina. O cavalo Falabella foi originalmente desenvolvido na Argentina a partir de cavalos locais da raça Criollo, começando em 1868 com o programa de criação de Patrick Newtall. Quando Newtall morreu, o rebanho e os métodos de criação foram passados ao genro de Newtall, Juan Falabella. Juan adicionou linhas de sangue adicionais, incluindo o Pónei Galês, Pônei Shetland, e pequenos Thoroughbreds. Com a consanguinidade considerável, ele foi capaz de ganhar consistentemente pequeno tamanho dentro do rebanho.
Beginning in the 1940s, um descendente, Julio C. Falabella, criou um registro formal de raça, o Establecimientos Falabella, hoje Asociación de Criadores de Caballos Falabella, e trabalhou para padronizar a raça para alcançar uma altura consistente, primeiro alcançando um tamanho médio abaixo de 100 cm (40 pol.) Mais tarde os criadores desenvolveram o padrão moderno, uma raça de cavalo que tinha aproximadamente 76 cm (30 pol.) de altura.