La lutte de libération du Tanganyika était menée par l’Union nationale africaine du Tanganyika, dont le drapeau était un tricolore horizontal vert-noir-vert. Les élections ont confirmé le soutien populaire écrasant de l’organisation, et les autorités britanniques ont suggéré de modifier le drapeau du parti pour l’utiliser comme drapeau national après l’indépendance, le 9 décembre 1961. Des fimbriations jaunes ont été ajoutées à ce moment-là.
Sous la domination arabe, Zanzibar a longtemps arboré un drapeau rouge, mais un régime noir africain est arrivé au pouvoir le 12 janvier 1964, sous un drapeau noir, jaune et bleu. Le mois suivant, le parti Afro-Shirazi au pouvoir a introduit un nouveau drapeau national semblable au sien. Les bandes horizontales bleu-noir-vert représentaient respectivement la mer, le peuple et la terre, tandis qu’une étroite bande verticale blanche au guindant représentait la paix.
En avril 1964, les pays du Tanganyika et de Zanzibar se sont unis et, début juillet, leurs traditions de drapeaux ont été fusionnées pour créer le nouveau drapeau national de la Tanzanie. Les couleurs du drapeau ont été incorporées en diagonale pour le rendre distinctif. La population majoritaire du pays est symbolisée par la bande noire, tandis que le vert suggère les riches ressources agricoles du pays. La richesse minérale se reflète dans les étroites frontières jaunes, tandis que l’océan Indien est symbolisé par le bleu. Après l’union de Zanzibar avec le Tanganyika, le drapeau de Zanzibar a néanmoins continué à être utilisé localement sur ces îles.