A felszabadító harcot Tanganyikában a Tanganyika Afrikai Nemzeti Unió vezette, amelynek zászlaja egy zöld-fekete-zöld színű vízszintes trikolor volt. A választások megerősítették a szervezet elsöprő népi támogatottságát, és a brit hatóságok javasolták a párt zászlajának módosítását, hogy az 1961. december 9-i függetlenséget követően nemzeti zászlóként használhassák. Ekkor sárga karimákkal egészítették ki.
Az arab uralom alatt Zanzibár sokáig vörös zászlót lobogtatott, de 1964. január 12-én fekete-, sárga- és kék színű zászlóval fekete-afrikai rezsim került hatalomra. A következő hónapban a kormányzó Afro-Shirazi Párt a sajátjához hasonló új nemzeti zászlót vezetett be. A vízszintes kék-fekete-zöld csíkok a tengert, a népet, illetve a földet jelképezték, míg egy keskeny fehér függőleges csík a felhúzásnál a békét.
1964 áprilisában Tanganyika és Zanzibár országai egyesültek, és július elején zászlóhagyományaikat egyesítették, így jött létre Tanzánia új nemzeti lobogója. A zászló színeit a megkülönböztethetőség érdekében átlósan építették be. Az ország többségi lakosságát a fekete csík szimbolizálja, míg a zöld a föld gazdag mezőgazdasági erőforrásaira utal. Az ásványkincsek gazdagságát a keskeny sárga szegélyek tükrözik, míg az Indiai-óceánt a kék szín szimbolizálja. Miután Zanzibár egyesült Tanganyikával, a zanzibári zászlót ennek ellenére továbbra is használták helyben ezeken a szigeteken.