Het voorouderlijk bestand van het paard van Zuid-Amerika stamt af van paarden die door de Spanjaarden van Andalusische en andere Iberische bloedlijnen naar het westelijk halfrond werden gebracht. In het zuidelijke deel van het continent ontwikkelden zich aanzienlijke aantallen van deze paarden in geografisch geïsoleerde omstandigheden en tegen het midden van de 19e eeuw waren er een aantal kleinere, inteeltdieren in de kuddes van de Mapuche van de zuidelijke provincie Buenos Aires in Olavarría, Argentinië. Het Falabella paard werd oorspronkelijk in Argentinië ontwikkeld uit plaatselijke paarden van Criollo stam, te beginnen in 1868 met het fokprogramma van Patrick Newtall. Toen Newtall stierf, werden de kudde en de fokmethoden doorgegeven aan Newtall’s schoonzoon, Juan Falabella. Juan voegde extra bloedlijnen toe, waaronder de Welsh Pony, Shetland pony, en kleine volbloeden. Met aanzienlijke inteelt, was hij in staat om consequent kleine afmetingen binnen de kudde te verkrijgen.
Beginnend in de jaren 1940, creëerde een nazaat, Julio C. Falabella, een formeel rasregister op, de Establecimientos Falabella, nu de Asociación de Criadores de Caballos Falabella (Falabella Horse Breeders Association), en werkte aan de standaardisering van het ras om een consistente hoogte te bereiken, waarbij eerst een gemiddelde grootte van minder dan 100 cm (40 in) werd bereikt. Later ontwikkelden fokkers de moderne standaard, een paardenras met een gemiddelde hoogte van ongeveer 76 cm (30 in).