Na de dood van Tegh Bahadur nam Goeroe Gobind Singh (1666-1708), de belangrijkste van alle Goeroes, met uitzondering van Goeroe Nanak, het leiderschap van de Sikhs op zich. Gobind Rai, wiens naam werd veranderd in Gobind Singh mogelijk ten tijde van de oprichting van de Khalsa, werd geboren in Patna, als enig kind van Goeroe Tegh Bahadur. Op vijfjarige leeftijd werd hij naar Anandpur gebracht en opgeleid in het Sanskriet en Perzisch en in de kunsten van de dichtkunst en het oorlogvoeren. De executie van zijn vader in Delhi door Aurangzeb moet een diepe indruk op het kind hebben gemaakt. Gedurende verscheidene jaren na zijn opvolging als Goeroe, zette hij zijn opleiding voort in de Shiwalik Heuvels. Hij groeide op tot man als heerser van een kleine Shiwalik staat, nam deel aan verschillende oorlogen tegen andere Shiwalik stamhoofden en toonde een bijzonder genoegen in de jacht.
Volgens de Sikh traditie werd er op Baisakhi Dag (het Indiase Nieuwjaar) laat in de 17e eeuw (het exacte jaar is niet bekend, maar waarschijnlijk was het 1699) een jaarmarkt gehouden in Anandpur, en alle Sikhs werden bevolen deze bij te wonen. De Goeroe bleef verborgen tot de feestelijkheden op hun hoogtepunt waren, toen hij plotseling uit een tent verscheen met een getrokken zwaard en het hoofd eiste van een van zijn trouwe volgelingen. Onmiddellijk werd de menigte stil, zich afvragend wat er gebeurd was. De Goeroe herhaalde het bevel, en uiteindelijk bood Daya Singh zich vrijwillig aan en werd achter een scherm gebracht om te worden weggestuurd. Gobind Singh verscheen dan opnieuw, zijn zwaard druipend van het bloed, en eiste een tweede slachtoffer. Ook hij werd achter het scherm gebracht, en opnieuw kon men het geluid van het zwaard horen. Op deze manier stemden vijf loyale Sikhs toe om te sterven voor hun meester. Toen hij blijkbaar de vijfde had afgemaakt, werd het scherm verwijderd en zag men dat alle vijf nog springlevend waren. Aan hun voeten lagen vijf geslachte geiten. De vijf vrijwilligers werden de Panj Piare, de “Gekoesterde Vijf,” die hadden bewezen dat hun loyaliteit boven alle twijfel verheven was.
Guru Gobind Singh legde uit dat hij wilde dat de Panj Piare het begin zouden zijn van een nieuwe orde, de Khalsa (“de Zuivere,” van het Perzische khalisah, wat ook “zuiver” betekent). De masands (van wie velen twistziek of corrupt waren geworden) zouden worden geëlimineerd, en alle Sikhs zouden, door hun inwijding in de Khalsa, rechtstreeks trouw verschuldigd zijn aan de Goeroe. Gobind Singh begon toen met de amrit sanskar (“nectar ceremonie”), de inwijdingsdienst voor de Panj Piare. Toen de rite beëindigd was, werd de Guru zelf door de Panj Piare ingewijd. De orde werd toen opengesteld voor iedereen die wilde toetreden, en de Sikh traditie meldt dat enorme menigten hier gehoor aan gaven.
Het moet worden opgemerkt dat, in tegenstelling tot wat veel Sikhs geloven, sommige centrale kenmerken van de huidige Khalsa nog niet bestonden in de tijd van Gobind Singh. Hoewel de Goeroe bijvoorbeeld eiste dat degenen die ingewijd werden in de Khalsa wapens moesten dragen en nooit hun haar mochten knippen (zodat de mannen tenminste nooit hun identiteit als Khalsa Sikhs zouden kunnen ontkennen), was het dragen van de “Vijf K’s”-kes of kesh (ongekamd haar), kangha (kam), kachha (korte broek), kara (stalen armband), en kirpan (ceremonieel zwaard)-werd pas een verplichting voor alle Sikhs na de oprichting van de Singh Sabha, een religieuze en educatieve hervormingsbeweging aan het eind van de 19e en het begin van de 20e eeuw. De Sikh huwelijksceremonie, waarbij de bruid en bruidegom rond de Guru Granth Sahib lopen, is ook een moderne ontwikkeling, die de in wezen Hindoe rite, waarbij de bruid en bruidegom rond een heilig vuur lopen, heeft vervangen door de Anand Marriage Act van 1909. De namen Singh (“Leeuw”) voor Sikh-mannen en Kaur (“Prinses”) voor Sikh-vrouwen, die vroeger werden aangenomen bij de inwijding in de Khalsa, worden nu aan alle Sikhs toegekend in een geboorte- en naamgevingsceremonie (zie onder Riten en festivals). Al deze veranderingen zijn opgenomen in de Rahit, de geloofs- en gedragscode van de Sikhs, die in het begin van de 20e eeuw bijna zijn definitieve vorm kreeg.
Goeroe Gobind Singh geloofde dat de krachten van goed en kwaad in de wereld soms uit balans raken. Wanneer de krachten van het kwaad te groot worden, grijpt Akal Purakh in de menselijke geschiedenis in om het evenwicht te herstellen, waarbij hij bepaalde menselijke individuen als zijn vertegenwoordigers gebruikt. In Gobind Singh’s tijd hadden de kwade krachten, vertegenwoordigd door de Mughals onder Aurangzeb, de overhand gekregen, en het was Gobind Singh’s taak, zo geloofde hij, om het evenwicht te herstellen. In dienst van deze missie, waren de Sikhs gerechtvaardigd om het zwaard te trekken. Hij uitte deze overtuiging in Zafar-nama (“Brief van de Overwinning”), een brief die hij op late leeftijd aan Augangzeb stuurde.
Kort na de oprichting van de Khalsa werd de Goeroe aangevallen door andere Shiwalik opperhoofden die samenspanden met de Mughal gouverneur van de stad Sirhind. In 1704 werd hij gedwongen zich uit Anandpur terug te trekken, waarbij hij twee van zijn vier zonen verloor in de strijd die volgde. De twee overgebleven zonen werden gevangen genomen en uitgeleverd aan de gouverneur van Sirhind, die hen op wrede wijze terechtstelde door hen levend op te sluiten. Het lot van deze twee kinderen is sindsdien een kwellend verhaal gebleven voor de Sikhs.
Vanuit Anandpur ontsnapte Gobind Singh naar het zuiden van Punjab, waar hij zijn achtervolgers bij Muktsar een nederlaag toebracht. Daarna trok hij naar Damdama, waar hij tot 1706 bleef en zich volgens de overlevering bezighield met de laatste herziening van de Adi Granth. Toen Aurangzeb in 1707 stierf, stemde Gobind Singh erin toe Aurangzeb’s opvolger, Bahādur Shāh, naar Zuid-India te vergezellen. Aangekomen in Nanded aan de oevers van de Godavari rivier in 1708, werd hij vermoord door agenten van de gouverneur van Sirhind.
Goeroe Gobind Singh is zonder twijfel het beau-ideal van de Sikhs. Afbeeldingen van hem en van Goeroe Nanak zijn vaak te vinden in de huizen van de Sikhs. Hij wordt beschouwd als het ultieme voorbeeld van alles wat een Sikh van de Khalsa (een Gursikh) zou moeten zijn. Zijn dapperheid wordt bewonderd, zijn edelmoedigheid wordt gewaardeerd, zijn goedheid wordt diep vereerd. De plicht van ieder Khalsa-lid is dan ook om zijn pad te volgen en werken te verrichten die hem waardig zijn.