Bekering en bediening
Bunyans bekering tot het puritanisme was een geleidelijk proces in de jaren na zijn huwelijk (1650-55); het wordt op dramatische wijze beschreven in zijn autobiografie. Na een eerste periode van Anglicaanse conformiteit, waarin hij regelmatig naar de kerk ging, gaf hij langzaam en met tegenzin zijn favoriete bezigheden op, zoals dansen, klokken luiden en sporten op het dorpsgroen, en begon hij zich te concentreren op zijn innerlijk leven. Toen kwamen kwellende verleidingen tot geestelijke wanhoop die verscheidene jaren duurden. De “stormen” van verzoeking, zoals hij ze noemt, bestookten hem met bijna lichamelijk geweld; stemmen drongen hem aan tot godslastering; de teksten van de Schrift, die hem de verdoemenis leken te bedreigen, namen een persoonlijke gedaante aan en “deden hem zeer pijnlijk knijpen”. Tenslotte geloofde hij op een morgen dat hij zich had overgegeven aan deze stemmen van Satan en Christus had verraden: “Ik viel neer als een vogel die uit de boom is geschoten.” In zijn psychopathisch isolement vertoont hij alle kenmerken van de verdeelde geest van de onaangepasten zoals die in de 20e eeuw zijn geanalyseerd. Bunyan had echter een eigentijds psychologisch instrument voor de diagnose van zijn toestand: de pastorale theologie van het calvinisme van de 17e eeuw, die de grimmige leer van de uitverkiezing en de voorbestemming interpreteerde in termen van de werkelijke behoeften van de zielen, het bewijs van geestelijke vooruitgang in hen, en het verbond van Gods genade. Beide technieken, die van de moderne analyticus en die van de puriteinse prediker, hebben het doel gemeen om de integriteit van het zelf te herstellen; en dit was wat Bunyan bereikte toen hij, uit zijn periode van geestelijke duisternis, langzamerhand begon te voelen dat zijn zonde “niet tot de dood” was en dat er teksten waren om zowel te troosten als te verschrikken. Hij werd bij zijn herstel geholpen door zijn omgang met de Bedford Separatist church en haar dynamische leider, John Gifford. Hij trad rond 1655 toe tot de volledige gemeenschap.
De Bedford gemeenschap praktiseerde de volwassendoop door onderdompeling, maar het was een open gemeenschapskerk, die iedereen toeliet die “geloof in Christus en heiligheid van leven” beleed. Bunyan bewees al snel zijn talenten als lekenprediker. Vers van zijn eigen geestelijke problemen, was hij geschikt om anderen te waarschuwen en te troosten: “Ik ging zelf in ketenen om tot hen in ketenen te prediken, en droeg dat vuur in mijn eigen geweten dat ik hen overhaalde om zich ervoor te hoeden.” Hij was ook actief in het bezoeken en vermanen van gemeenteleden, maar zijn belangrijkste activiteit in 1655-60 was de controverse met de vroege Quakers, zowel in openbare debatten in de marktsteden van Bedfordshire als in zijn eerste gedrukte werken, Some Gospel Truths Opened (1656) en A Vindication of Some Gospel Truths Opened (1657). De Quakers en de Baptisten met open gemeenschap waren rivalen voor de religieuze trouw van de “mechanics,” of kleine handelaren en ambachtslieden, zowel in de stad als op het platteland. Bunyan werd al snel erkend als een leider onder de sektariërs.
De Restauratie van Charles II maakte een einde aan de 20 jaar waarin de afgescheiden kerken vrijheid van godsdienst hadden genoten en enige invloed hadden uitgeoefend op het regeringsbeleid. Op 12 november 1660 werd Bunyan in Lower Samsell in South Bedfordshire voor een plaatselijke magistraat gebracht en op grond van een oude Elizabethaanse wet aangeklaagd wegens het houden van een eredienst die niet in overeenstemming was met die van de Church of England. Hij weigerde de verzekering af te geven dat hij de overtreding niet zou herhalen, werd veroordeeld op de assisen in januari 1661, en werd opgesloten in de gevangenis van het graafschap. Ondanks de moedige pogingen van zijn tweede vrouw (hij was in 1659 hertrouwd) om zijn zaak op de assisen aan de orde te stellen, bleef hij 12 jaar in de gevangenis. Een laat 17e-eeuwse biografie, toegevoegd aan de vroege edities van Grace Abounding, onthult dat hij zijn gezin onderhield met het maken en verkopen van “long Tagg’d laces”; de omstandigheden in de gevangenis waren mild genoeg voor hem om af en toe vrijgelaten te worden om vrienden en familie te bezoeken en bijeenkomsten toe te spreken.