De Tenure of Office Act beperkte de bevoegdheid van de president om een ambtenaar te schorsen terwijl de Senaat niet in zitting was. (In die tijd vergaderde het Congres maar een betrekkelijk klein deel van het jaar.) Als de Senaat, wanneer hij weer bijeenkomt, weigert het ontslag te bekrachtigen, moet de president de ambtenaar in zijn ambt herstellen.
In augustus 1867, toen de Senaat niet in zitting was, deed Johnson zijn zet tegen Stanton door hem te schorsen in afwachting van de volgende zitting van de Senaat. Toen de Senaat op 13 januari 1868 bijeenkwam, weigerde hij echter met een stemming van 35-6 het ontslag te bekrachtigen. Niettegenstaande de stemming benoemde President Johnson Generaal Ulysses S. Grant tot Minister van Oorlog, omdat hij daarmee een zaak wilde creëren om de rechtmatigheid van de wet voor het Hooggerechtshof aan te vechten. Binnen enkele dagen begon de aanklacht tegen Johnson, de eerste aanklacht tegen een president van de Verenigde Staten. Na een proces van drie maanden voorkwam Johnson ternauwernood dat hij door de Senaat uit zijn ambt werd ontzet, met slechts één enkele stem. Stanton trad af in mei 1868.
Het was zeer onduidelijk of Johnson de Tenure of Office Act had overtreden, wat leidde tot de impeachment. De formulering van de wet was onduidelijk, en het was niet duidelijk of zijn afzetting van Stanton (een overblijfsel uit de regering Lincoln die Johnson niet had benoemd) een overtreding van de wet was. De wet was van toepassing op de huidige ambtsdragers, maar beperkte de bescherming van kabinetsleden tot een maand na het aantreden van een nieuwe president.
De Confederale Grondwet was explicieter over het ontzetten van uitvoerende functies van de federale regering. De grondwet bepaalde dat “de hoofdofficier van elk van de uitvoerende departementen en alle personen die verbonden zijn met de diplomatieke dienst, uit hun ambt kunnen worden ontheven door toedoen van de president”. Alle andere ambtenaren van het uitvoerende departement kunnen alleen uit hun ambt worden ontzet “wanneer hun diensten onnodig zijn, of wegens oneerlijkheid, onbekwaamheid, ondoeltreffendheid, wangedrag of verwaarlozing van de plicht, en wanneer zij aldus uit hun ambt zijn ontzet, moet daarvan verslag worden uitgebracht aan de Senaat, met opgave van de redenen daarvoor.”
Gezien de onenigheid over de vraag of de Tenure of Office Act in strijd was met de Grondwet van de Verenigde Staten, zou de juiste handelwijze niet zijn geweest de President aan te klagen, maar Stanton aan te klagen wegens onrechtmatige beëindiging en terugbetaling van salaris, zoals gebeurde in de daaropvolgende zaak Myers v. United States.